| Число сборок генома | 2 |
| Число проектов по секвенированию | 1 |
| Число образцов по секвенированию | 2 |
| |
|
| Описание образца(BioSample ID: SAMN00000081) | Организм:Hydra vulgaris Taxonomy ID: 6087 Систематика:Eukaryota; Metazoa; Cnidaria; Hydrozoa; Hydroidolina; Anthoathecata; Aplanulata; Hydridae; Hydra; Hydra vulgaris2 |
| Описание проекта (BioProject ID: PRJNA12876) | Геномные скэффолды представлены контигами H379587-CH396048. Проект Геном Гидры является совместным проектом JCVI, JGI, лаборатории Дэна Рохсэра в университете Беркли и лаборатории Роба Стила в университете Ирвин. Упорядочивание и начальная сборка были сделаны JCVI и отправлены в GenBank как WGS-проект ABRM00000000. Та сборка часто представляла собой два гаплотипа Гидры в отдельных контигах/скэффолдах. Вторая сборка была сделана в JGI и является сборкой гаплоидного типа, где каждый локус, как ожидается, будет представлен только один раз. Эта сборка является WGS-проектом ACZU00000000. |
| Контиги* | Общее число: 236,667 ***N50: 12,864 ****L50: 24,701 самый длинный контиг ctg1101284780624, длина 192,195 самый короткий контиг ctg1101284616801, длина 66 таблица доступна по ссылке |
| Скэффолды** | Общее число: 132,858 N50: 64,586 L50: 5,241 |
| Название | Описание | Пример |
| D_segment | Разнообразные сегменты тяжелых цепей иммуноглобулинов и бета-цепи рецепторов T-клеток | D_segment 339..349
/gene="IGH@"
/note="DH2-15"
|
| C_region | Постоянные регионы легких и тяжелых цепей иммуноглобулинов; альфа, бета и гамма цепи рецепторов T-клеток, включает один или более экзонов в зависимости от конкретной цепи | C_region join(1108940..1109233,1109626..1109676,1109820..1109864,
1110008..1110052,1110196..1110240,1110359..1110688,
1110786..1111100,1112402..1112532,1114348..1114431)
/gene="IGHG3"
/gene_synonym="IgG3"
/standard_name="IGHG3, encoding membrane bound form"
|
| intron | Сегмент ДНК, который транскрибируется, но удаляется из цепи в рамках сплайсинга, соединяя вместе последовательности (экзоны) по обе стороны от него | intron 224..568 |
| misc_binding | Сайт в нуклеиновой кислоте, который ковалентно или нековалентно связывает другую часть, которая не может быть описана другими связывающими ключами(праймер-сязывающими и белок-связывающими) | misc_binding complement(167347..167449)
/inference="COORDINATES: nucleotide
motif:Rfam:12.0:RF00162"
/inference="COORDINATES: profile:INFERNAL:1.1.1"
/note="SAM riboswitch class I; Derived by automated
computational analysis using gene prediction method:
cmsearch."
/bound_moiety="S-adenosylmethionine"
/db_xref="RFAM:RF00162"
|
| polyA_site | Сайт на РНК транскрипте, в который были добавлены остатки аденина в ходе посттрансляционного полиаденилирования | polyA_site 1128
/gene="POLR2H"
/gene_synonym="RPABC3; RPB17; RPB8"
/note="The 3' most polyA site has not been determined.
This is an internal polyA site."
|
| precursor_RNA | Предшественник РНК. Любая разновидность незрелой РНК. Может включать ncRNA, rRNA, tRNA, 5' нетранслируемые участки (5'UTR), кодируемые последовательности (CDS, exon), кодируемые послдовательности (интроны) и 3' нетранслируемые участки (3'UTR); | precursor_RNA 1..65
/gene="mir-5595"
/locus_tag="CELE_F26H11.7"
/product="pre-microRNA mir-5595"
/note="F26H11.7"
/db_xref="GeneID:13187948"
|
| repeat_region | область генома, содержащая повторяющиеся участки | repeat_region 1..430
/gene="NAIP"
/gene_synonym="BIRC1; NLRB1; psiNAIP"
/note="long terminal repeat (LTR)"
/rpt_family="HERV-P"
|
| rep_origin | Ориджин репликации; стартовый сайт для дупликации нуклеиновых кислот для получения 2 идентичных копий | rep_origin 1..442
/note="oriV; conserved part of vegetative replication
origin including interons"
|
| N_region | дополнительные нуклеотиды, вставленные между перестроенными сегментами иммуноглобулина. | N_region 7..9 |
| ncRNA | Ген, не кодирующий белок, результатом транскрипции которого является особый тип РНК, отличный от рРНК и тРНК. | ncRNA 1..24
/ncRNA_class="miRNA"
/gene="mir-5595"
/locus_tag="CELE_F26H11.7"
/product="microRNA mir-5595,a"
/standard_name="F26H11.7a"
/db_xref="GeneID:13187948"
|
| Apusozoa[Organism] AND mitochondrion[Filter] AND complete[Title] |
| |
| |
Домен: Eukaryota
Царство: Unikonta
Тип: Apusozoa
Класс: Thecomonadea
Порядок: Apusomonadida
Семейство: Apusomonadidae
Род: Amastigomonas
Вид: Thecamonas trahens
| Организм | Размер генома (Mb) |
| Вироиды | |
| Минимальный размер:Coconut cadang-cadang viroid | 0.000246 |
| Типичный размер:Coleus blumei viroid 1; Dahlia latent viroid(одинаковый размер генома у 2 организмов)) | 0.000342 |
| Максимальный размер:Apple hammerhead viroid-like circular RNA | 0.000434 | Вирусы, бактериофаги |
| Минимальный размер:Acartia tonsa copepod circovirus | 0.00167 |
| Типичный размер:Acidianus filamentous virus 9 | 0.041172 |
| Максимальный размер:Acanthamoeba polyphaga mimivirus | 1.18155 |
| Бактерии | |
| Минимальный размер:Cloacimonetes bacterium JGI 0000039-I11 | 0.104827 |
| Типичный размер: Lactobacillus ginsenosidimutans | 2.59056 |
| Максимальный размер: Mumia flava | 16.3772 |
| Археи | |
| Минимальный размер:Candidatus Parvarchaeum acidophilus2 | 0.100212 |
| Типичный размер:Candidatus Altiarchaeales archaeon WOR_SM1_86-2 | 2.08797 |
| Максимальный размер:uncultured marine crenarchaeote 'Gulf of Maine' | 6.4512 |
| Эукариоты | |
| Минимальный размер:Corbicula fluminea | 0.662517 |
| Intoshia linei | 41.6031 |
| Типичный размер:Trichinella papuae | 46.8445 |
| Octopus bimaculoides | 2338.19 |
| Mus spretus(мышь домовая) | 2625.59 |
| Homo sapiens(человек разумный) | 3238.44 |
| Максимальный размер:Pinus lambertiana(сосна Ламберта) | 27602.7 |