1) Модель сделана рентгеноструктурным анализом. Со страницы структуры на сайте PDBe должен быть доступен для скачивания файл с электронной плотностью.
2) Наличие файла с экспериментальными данными РСА.
3) В доступе имеется статья, которая была опубликована по итогам расшифровки.
Разрешение 1.75A.
Длина полипептидной цепи 134 а.о.
4) Имеются подходящие структуры белков, сходных одним из белков вашей модели.
Был выбран белок 3o48.
Рис. 1. Структура белка 3o48 в Pymol.
Рис. 2. Электронная плотность вокруг остатков 16, 17, 18 на уровне подрезки level = 1.0. Изображение в программе Pymol.
Рис. 3. Электронная плотность вокруг остатков 16, 17, 18 на уровне подрезки level = 2.0. Изображение в программе Pymol.
Рис. 4. Электронная плотность вокруг остатков 16, 17, 18 на уровне подрезки level = 3.0. Изображение в программе Pymol.
Рис. 5. Электронная плотность вокруг остатков 16, 17, 18 на уровне подрезки level = 4.0. Изображение в программе Pymol.
Можно увидеть, что электронная плотность сконцентрирована около остова цепи и соответствует расположению атомов. Можно заметить, что электронная плотность выходит за пределы поверхности начиная с уровня 2.0.
Рис. 6. Электронная плотность вокруг остова полипептидной цепи на уровне подрезки level = 1.0. Изображение в программе Pymol.
Рис. 7. Электронная плотность вокруг остова полипептидной цепи на уровне подрезки level = 2.0. Изображение в программе Pymol.
Рис. 8. Электронная плотность вокруг остова полипептидной цепи на уровне подрезки level = 3.0. Изображение в программе Pymol.
Рис. 9. Электронная плотность вокруг остова полипептидной цепи на уровне подрезки level = 4.0. Изображение в программе Pymol.
Рис. 10. Электронная плотность вокруг остова полипептидной цепи на уровне подрезки level = 5.0. Изображение в программе Pymol.
Рис. 11. Электронная плотность вокруг остоваполипептидной цепи на уровне подрезки level = 6.0. Изображение в программе Pymol.
Рис. 12. Электронная плотность вокруг остоваполипептидной цепи на уровне подрезки level = 7.0. Изображение в программе Pymol.
Можно увидеть, что начиная с уровня 6.0 электронная плотность не охватывает все атомы аминокислотных остатков. При высоких значениях уровня охватывается только пептидная связь.
На уровне 5.0 электронная плотность охватывает ароматическую систему.