Практикум 11. Гидрофобные кластеры.

На этой странице выложен отчет по практикуму 11. Гидрофобные кластеры.

1. Гидрофобные кластеры в структуре гомодимера.

Для практикума был взят белок с идентификатором 3g2m. Это гомодимер N-метилтрансферазы. Был использован сервис Clud. Для начала сервис был запущен со стандартными параметрами.
Эти параметры составляют: порог размера кластера 3 атома и порог расстояния - 5,4 ангстрем.
В результате были получены 14 кластеров, 11 из которых были небольшими по размеру, а 3 были значительными.
Рис. 1. Гомодимер в Jmol.

Рис. 2. Кластер 1 размером 460 атомов.

Рис. 3. Кластер 2 размером 139 атомов.

Рис. 4. Кластер 3 размером 135 атомов.

Рис. 5. Небольшие кластеры размером от 3 до 11 атомов.
Можно заметить, что наиболее крупный гидрофобный кластер охватывает димер практически полностью. При этом нужно упомянуть, что он охватывает в основном бета-листы димера.
Размер этого кластера составляет 460 атомов. Рассмотрим второй и третий по размеру кластеры.
Они соответствуют доменам в каждом мономере димера.
Если проанализировать более маленькие кластеры, то они небольшого размера по сравнению с тремя упомянтыми выше. Поэтому скорее всего можно сделать вывод, что они не имеют биологического значения.

2. Гидрофобные кластеры на интерфейсе двух цепочек в структуре гомодимера.

Ссылки: