Практикум 5. Изучение файла структурных факторов.
На этой странице выложен отчет по практикуму 5. Изучение файла структурных факторов.
1. Общие сведения о структуре.
Был выбран белок 3o48, который выделен из Saccharomyces cerevisiae. Он имеет длину 134 а. о. и молекулярную массу 15.84 кДн.
2. Файл структурных факторов.
С сайта банка был скачан файл структурных факторов. Всего в файле 15294 структурных факторов. Далее из файла были удалены ненужные данные.
Оставлены:
h, k, l - индексы структурного фактора
F - значение измеренного структурного фактора
F_sigma - погрешность измеренного стуктурного фактора.
Для каждого была посчитано отношение измеренного значения к его погрешности и обозначено как signal.
3. "Хорошие" структурные факторы.
Структурный фактор можно считать хороим, если сила его сигнала 3 или больше. Всего 15252 хороших структурных факторов или 99,7%.
4. Количество структурных факторов, используемых для оптимизации.
Для опитимизации было использовано 14487 структурных факторов. Это 94,7% от всех.
5. Пропущенные структурные факторы.
Назовем тройку структурных факторов пропущенной, если ее нет среди измеренных структурных факторов,но есть измеренный структурный фактор (h',k', l') с h'>= h, k'>= k, l'>= l.
Табл. 1. Пропущенные структурные факторы.
Приведем итоговый файл.
Ссылки:
[1] Hodge T. & Cope M.J.T.V. 2000. A myosin family tree. Journal of Cell Science 113:3353-3354.
[2] Briggs G.S., Smits W.K., Soultanas P. (2012). Chromosomal Replication Initiation Machinery of Low-G+C-Content Firmicutes. J Bacteriol. 194, 5162-70.
[3] Semova, I., Carten, J.D., Stombaugh, J., Mackey, L.C., Knight, R., Farber, S.A., and Rawls, J.F. (2012). Microbiota Regulate Intestinal Absorption and Metabolism of Fatty Acids in the Zebrafish. Cell Host Microbe 12, 277-288.
[4] Backhed, F., Ding, H., Wang, T., Hooper, L.V., Koh, G.Y., Nagy, A., Semenkovich, C.F., and Gordon, J.I. (2004). The gut microbiota as an environmental factor that regulates fat storage. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101, 15718–15723.