Гомология и выравнивание.

Семейство HrpJ-подобных доменов

Белки с HrpJ-подобными доменами(ID: PF07201) являются частью системы секреции III типа, через которую у фитопатогенных видов бактерий факторы вирулентности доставляются в клетки растений(Hirano SS, Charkowski AO, at all.,1999). Общее число последовательностей для этого семейства составляет 199, а количество последовательностей для выравнивания - 34. Число доменных архитектур белков с доменом из семейства составляет 5 штук, наиболее представленными из них являются: HrpJ(133 белка) и HrpJ, TyeA(62 белка). Для 4 белков известна пространственная структура, чаще всего семейство этих доменов встречается у бактерий(известно 192 последовательности с данными доменами) и очень редко - у эукариот(известно всего 2 последовательности у 2 видов). Среди бактерий семейство доменов наиболее распространено среди протеобактерий.

Профиль выравнивания был создан в феврале 2015 года, в нем содержится 166 позиций.

карта локального сходства
Рис. 1 Карта локального сходства двух белков с доменом из одного семейства и разной доменной архитектурой.

Для сравнения были выбранны 2 белка с наиболее распространенными архитектурами, описанными выше: HrpJ и HrpJ, TyeA. Согласно карте локального сходтва, прямые цепочки исследуемых белков крайне схожи, отсутствуют инверсии, обширные делеции или инсерции.

Сравнение консервативных учатков первой и второй групп белков показывает наличие уникальных участков проект Jalview :

1 группа(бирюзовый цвет):

  • 1) K - 38
  • 2) I - 39
  • 3) F - 250
  • 4) E - 252
  • 5) ER - 257-258
  • 6) RIEKL - 478-482
  • 7) L - 498
  • 8) PA - 591-592
  • 9) T - 713
  • 10) A - 719
  • 11) P - 733
  • 12) Y - 750
  • 13) QS - 771-772
  • 14) LL - 784-785
  • 15) T - 806
  • 16) L - 850
  • 17) L - 857
  • 18) LTRRL - 916-920
  • 19) NG - 926-927
  • 20) L - 937
  • 21) G - 943
  • 22) Q - 997
  • 23) N - 1002
  • 24) P - 1006
  • 25) W - 1020

    • 2 группа(темно-фиолетовый цвет):

  • 1) D - 243
  • 2) Q - 252
  • 3) F - 257
  • 4) R - 261
  • 5) K - 265
  • 6) F - 495
  • 7) R - 497
  • 8) P - 512
  • 9) P - 589
  • 10) L - 594
  • 11) V - 597
  • 12) R - 599
  • 13) K - 719
  • 14) D - 820
  • 15) C - 824
  • 16) S - 826
  • 17) R - 827
  • 18) RS - 847-848
  • 19) E - 883
  • 20) G - 939
  • 21) A - 1007
  • 22) CK - 1010-1011

    • таблица всех белков из UniProt с доменом исследуемого семейства в формате Excel

    Список литературы

    1. Hirano SS, Charkowski AO, Collmer A, Willis DK, Upper CD; , Proc Natl Acad Sci U S A 1999;96:9851-9856.: Role of the Hrp type III protein secretion system in growth of Pseudomonas syringae pv. syringae B728a on host plants in the field. PUBMED:10449783 EPMC:10449783

    © Тумбинский Роман, ФББ МГУ, 2022