| protein name | protein ID1 | protein ID2 | score | identity, % | similarity, % | gaps | indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| рибонуклеаза R | RNR_ECOLI | RNR_BACSU | 1376,5 | 37,2 | 56,7 | 48 | 9 |
| белок B системы репарации ABC | UVRB_ECOLI | UVRB_BACSU | 2048,5 | 58,5 | 77,7 | 12 | 4 |
| пиридоксалькиназа | PDXK_ECOLI | PDXK_BACSU | 169,5 | 22,3 | 38,1 | 92 | 14 |
| protein name | protein ID1 | protein ID2 | score | identity, % | similarity, % | gaps | indels | coverage 1 | coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| рибонуклеаза R | RNR_ECOLI | RNR_BACSU | 1379,0 | 38,2 | 58,3 | 21 | 11 | 95,45 | 99,49 |
| белок B системы репарации ABC | UVRB_ECOLI | UVRB_BACSU | 2055,5 | 59,2 | 78,5 | 8 | 3 | 98,96 | 99,55 |
| пиридоксалькиназа | PDXK_ECOLI | PDXK_BACSU | 180,0 | 25,4 | 44,1 | 49 | 9 | 85,87 | 81,18 |
Мною были выбраны белки KBAY_ECOLI - KbaY субъединица D-тагатозо-1,6-бисфосфатальдолазы организма Escherichia coli (strain K12) и PAIA_BACSU - спермин-N(1)-ацетилтрансфераза Bacillus subtilis (strain 168).
| alignment type | protein ID1 | protein ID2 | score | identity, % | similarity, % | gaps | indels | coverage 1 | coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| global | KBAY_ECOLI | PAIA_BACSU | 35,5 | 13,9 | 23,3 | 160 | 11 | - | - |
| local | KBAY_ECOLI | PAIA_BACSU | 42,5 | 24,8 | 40,0 | 29 | 8 | 48,95 | 93,60 |
Результаты выравнивания, а именно: низкий процент идентичности, большое количество гэпов, на один или два прядка превышающее это же количество в гомологах указывают на неродственность рассматриваемых белков.
Мною был выбран белок с мнемоникой RNR - это рибонуклеаза R. Всего нашлось 20 рибонуклеаз, аннотированных Swiss-Prot среди них я выбрал 7 для выравнивания:
RNR_ECOLI - Escherichia coli (strain K12)
RNR_BACSU - Bacillus subtilis (strain 168)
RNR_SHIFL - Shigella flexneri
RNR_HELPY - Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (Campylobacter pylori)
RNR_CHLTR - Chlamydia trachomatis (strain D/UW-3/Cx)
RNR_VIBPA - Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6 (strain RIMD 2210633)
RNR_CHLPN - Chlamydia pneumoniae (Chlamydophila pneumoniae)
Множественное выравнивание показывает, что несмотря на большое количество гепов, в белках имеются высококонсервативные участки: 286-288; 292-298; 316-319; 329-332; 345-350; 353-360; 366-367; 398-399; 476-478; 583-593. Наибольший участок схожести - 583-593, что наводит на мысль о нахождении активного центра на этом участке. Учитывая сравнительно небольшое количество инделей и их расположение в одних и тех же местах, а также довольно большое количество высоко консервативных участков можно сделать вывод, что белки являются гомологами, хотя и не очень близкими.