A- и В- формы ДНК. Структура РНК
Задание 1
Были построены модели структур A-, B- и Z-формы ДНК с помощью инструментов пакета 3DNA.
A-форма B-форма Z-формаЗадание 2
Заданным мне основанием был тимин. Мною был выбран Т19 в В-форме ДНК. Атомы, обращенные в сторону большой бороздки, выделены красным цветом, в сторону малой - синим.
Таким образом, в сторону большой бороздки ориентированны атомы: t19.c4, t19.c5, t19.c6, t19.c7,t19.o4
В сторону малой бороздки ориентированны атомы: t19.c2, t19.o2
Рис 1.Ориентация атомов Т19 в молекуле ДНК В-формы
| А -форма | В-форма | Z-фома | |
| Тип спирали (правая или левая) | правая | правая | левая |
| Шаг спирали, Å | 30,9 | 33,6 | 43 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки, Å | 17,4 | 17,5 | 13 |
| Ширина малой бороздки, Å | 9,5 | 9,8 | 9,9 |
Задание 3
Водородные связи определялись с помощью программ find_pair и analyze пакета 3DNA. Файл выдачи:1qtq.out
1.Стебли вторичной структуры РНК: 1) 902-907, 971-966; 2) 949-953, 965-961; 3) 937-944, 933-926; 4) 910-912, 925-923
2.Неканонические пары оснований: 1) 952G-962C; 2) 954U-958A; 3) 955U-918G; 4) 937A-933U; 5) 938U-932U; 6) 944C-926A; 7) 913A-945A; 8) 914A-908U; 9) 915G-948C; 10) 940C-930G
3.Дополнительные водородные связи: 1) 954U-958A; 2) 955A-918G; 3) 913A-945A; 4) 914A-908U; 5) 915G-948C; 6) 919G-956C
Рис.1.Структура исследуемой тРНК