Комплексы ДНК-белок
Задание 1
С помощью программы einverted были получены предсказания вторичной структуры тРНК(1qtq). Были использованны следующие параметры: einverted -sequence rna.seq -gap 12 -threshold 10 -match 3 -mismatch -3 -outfile outfile -outseq seqout.
Выдача работы программыПредсказание вторичной структуры с помощью программы RNAfold
Рис 1.Вторичная структура тРНК, предсказанная программой RNAfold
| Участок структуры | Позиции в структуре (по результатам find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель | 5'-902-907-3' 5'-966-971-3' | 5'-901-907-3' 5'-965-971-3' | 5'-901-907-3' 5'-965-971-3' |
| T-стебель | 5'-949-952-3' 5'-962-965-3' | - | 5'-948-952-3' 5'-964-960-3' |
| D-стебель | 5'-910-913-3' 5'-922-925-3' | - | 5'-910-912-3' 5'-922-924-3' |
| Антикодоновый стебель | 5'-938-942-3' 5'-926-930-3' | - | 5'-938-942-3' 5'-926-930-3' |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 19 | 0 | 20 |
Программа einverted нашла только один стебель вторичной структуры из четырех. Программа RNAfold нашла все четыре стебля.
Задание 2
| Контакты атомов белка | Полярные | Неполярные | Всего |
| c остатками 2'-дезоксирибозы | 3 | 12 | 15 |
| c остатками фосфорной кислоты | 19 | 6 | 25 |
| c остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 4 | 9 | 13 |
| c остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 1 | 0 | 1 |
Самым важным аминокислотным остатком является аргинин 116, так как: 1)он образует наибольшее число связей с ДНК; 2)участвует в связывании цепей C и E; 3) аргинин - аминокислота, кодирующаяся 6 вариантами триплетов, что уменьшает вероятность замены на другую аминкислоту при мутации. Как правило, такие аминокислоты располагаются в активном центре ферментов или участках узнавания субстрата.
