Илистые прыгуны - одна из самых больших групп рыб, которые выходят из воды и проводят значительную часть времени на илистой поверхности. Виды Periophthalmus являются наиболее наземными из четырех родов: было замечено, что илистые прыгуны Periophthalmus остаются на поверхности даже во время прилива, сидя на камнях и стволах мангровых деревьев и других галофитов (Ikebe and Oishi, 1996, 1997; Takita et al., 1999; Zhang et al., 2003; Ishimatsu, A., Gonzales, T.T., 2011;).
Илистые прыгуны обладают различными путями снижения токсичности аммиака при воздействии аммиака окружающей среды. Исследование, направленное на получение транскриптомных доказательств путем профилирования транскриптомов жабр и печени Periophthalmus magnuspinnatus показали, что большинство дифференциально экспрессируемых генов были вовлечены в метаболические пути. После воздействия аммиака экспрессия генов, связанных с метаболизмом белков и аминокислот, у илистых прыгунов была понижена, а уровни экспрессии нескольких генов, участвующих в выделении аммиака в жабрах, были повышены (Xinxin You et al., 2018).
Запрос : Periophthalmus magnuspinnatus
По запросу было найдено 3 сборки, уровень всех сборок, за исключением той, которая была мною выбрана были уровня scaffold.
Уровень выбранной сборки – Chromosome, это значит, что это последовательность для одной или нескольких хромосом. Это может быть полностью секвенированная хромосома без пробелов или хромосома, содержащая скаффолды или контиги с промежутками между ними. Там также могут быть непомещенные или нелокализованные скаффолды. Кроме того, выбранная сборка является референсной, это значит, что эта сборка была выбрана вручную, как сборка высокого качества, она рассматривается NCBI и научным сообществом как стандарт для этого организма.
| Идентификатор GenBank | GenBank GCA_009829125.1 |
| Идентификатор RefSeq | RefSeq GCF_009829125.1 |
| Общий размер генома | 752.6 Mb |
| N50 для контигов | 2.3 Mb |
| L50 для контигов | 87 |
| N50 для скэффолдов | 32.9 Mb |
| L50 для скэффолдов | 11 |
Скэффолды: N50 - в скэффолдах длинной 32.9 Mb содержаться половина всех нуклеотидов сборки. L50 - в 11 скэффолдах длинной 2.3 Mb и более содержаться половина всех нуклеотидов сборки.
Контиги: N50: 2.3 Mb – в контигах длинной 2.3 Mb содержаться половина всех нуклеотидов сборки. L50: 87 – в 87 контигах длинной 2.3 Mb и более содержаться половина всех нуклеотидов сборки.
Из GenBank были скачаны: нуклеотидные последовательности генома (в формате FASTA), последовательности белков (в формате FASTA) и последовательности генома с аннотацией (GBFF).
Ikebe, Y., Oishi, T. Correlation between environmental parameters and behaviour during high tides in Periophthalmus modestus (1996) Journal of Fish Biology, 49 (1), pp. 139-147. doi: 10.1006/jf>
Ikebe, Y., Oishi, T. Relationships between environmental factors and diel and annual changes of the behaviors during low tides in Periophthalmus modestus (1997) Zoological Science, 14 (1), pp. 49-55. doi: 10.2108/zsj.14.49
Murdy, E.O., Takita, T. Periophthalmus spilotus, a new species of mudskipper from Sumatra (Gobiidae: Oxudercinae) (1999) Ichthyological Research, 46 (4), pp. 367-370. doi: 10.1007/BF02673979
Ishimatsu, A., Gonzales, T.T. Mudskippers: Front runners in the modern invasion of land (2011) The Biology of Gobies, pp. 609-638. ISBN: 978-143986233-9; 978-143984206-5
Xinxin You, Jieming Chen, Chao Bian, Yunhai Yi, Zhiqiang Ruan, Jia Li, Xinhui Zhang, Hui Yu, Junmin Xu, Qiong Shi, Transcriptomic evidence of adaptive tolerance to high environmental ammonia in mudskippers, Genomics, Volume 110, Issue 6, 2018, Pages 404-413, ISSN 0888-7543