Выравнивание последовательностей белков

Глобальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein Name ID 1 ID 2 Score Identity Similarity Gaps Indels
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha ACCA_ECOLI ACCA_BACSU 814.5 51.1% 66.0% 14 4
Phosphomethylpyrimidine synthase THIC_ECOLI THIC_BACSU 2156.0 63.8% 75.4% 65 11
2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate 5-dehydrogenase KDUD_ECOLI KDUD_BACSU 671.5 54.3% 70.5% 9 5

Локальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha ACCA_ECOLI ACCA_BACSU 823.5 53.8% 69.6% 3 2 97.8% 95.1%
Phosphomethylpyrimidine synthase THIC_ECOLI THIC_BACSU 2165.5 66.6% 78.5% 50 7 95.2% 97.5%
2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate 5-dehydrogenase KDUD_ECOLI KDUD_BACSU 673.5 55.6% 71.8% 7 4 98.4% 97.6%

Глобальное и локальное выравнивание неродственных белков

Alignment ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels
Global TRAP_ECOLI FADE_BACSU 23.0 1.5% 1.7% 724 (95.6%) 4
Local TRAP_ECOLI FADE_BACSU 32.0 21.7% 34.8% 13 3

В таблице выше приведены характеристики выравниваний двух негомологичных белков - TRAP_ECOLI и FADE_BACSU. Как и ожидалось, вес выравниваний, как и процент совпадающих и схожих букв, гораздо меньше таковых у выравниваний гомологичных белков. Несмотря на это, даже у последовательностей таких разных белков есть общие консервативные участки.

Глобальное выравнивание белков THIC_ECOLI и THIC_BACSU в виде проекта Jalview Множественное выравнивание белков с мнемоникой функции ACCA в виде проекта Jalview

Все белки из проведенного множественного выравнивания являются бактериальными и имеют довольно много общих консервативных участков, максимальный из которых состоит из 10 аминокислотных остатков (его координаты: 200-210). Можно видеть, что последовательность белка ACCA_CLOCE начинается с инделя из 57 гэпов, что обусловлено меньшей длиной последовательности (вероятно, из-за когда-то произошедшей и закрепившейся делеции) и не противоречит выводу о гомологичности рассмотренных белков.