Глобальное парное выравнивание гомологичных белков
Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | Identity | Similarity | Gaps | Indels |
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha | ACCA_ECOLI | ACCA_BACSU | 814.5 | 51.1% | 66.0% | 14 | 4 |
Phosphomethylpyrimidine synthase | THIC_ECOLI | THIC_BACSU | 2156.0 | 63.8% | 75.4% | 65 | 11 |
2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate 5-dehydrogenase | KDUD_ECOLI | KDUD_BACSU | 671.5 | 54.3% | 70.5% | 9 | 5 |
Локальное парное выравнивание гомологичных белков
Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha | ACCA_ECOLI | ACCA_BACSU | 823.5 | 53.8% | 69.6% | 3 | 2 | 97.8% | 95.1% |
Phosphomethylpyrimidine synthase | THIC_ECOLI | THIC_BACSU | 2165.5 | 66.6% | 78.5% | 50 | 7 | 95.2% | 97.5% |
2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate 5-dehydrogenase | KDUD_ECOLI | KDUD_BACSU | 673.5 | 55.6% | 71.8% | 7 | 4 | 98.4% | 97.6% |
Глобальное и локальное выравнивание неродственных белков
Alignment | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
Global | TRAP_ECOLI | FADE_BACSU | 23.0 | 1.5% | 1.7% | 724 (95.6%) | 4 |
Local | TRAP_ECOLI | FADE_BACSU | 32.0 | 21.7% | 34.8% | 13 | 3 |
В таблице выше приведены характеристики выравниваний двух негомологичных белков - TRAP_ECOLI и FADE_BACSU. Как и ожидалось, вес выравниваний, как и процент совпадающих и схожих букв, гораздо меньше таковых у выравниваний гомологичных белков. Несмотря на это, даже у последовательностей таких разных белков есть общие консервативные участки.
Глобальное выравнивание белков THIC_ECOLI и THIC_BACSU в виде проекта Jalview Множественное выравнивание белков с мнемоникой функции ACCA в виде проекта JalviewВсе белки из проведенного множественного выравнивания являются бактериальными и имеют довольно много общих консервативных участков, максимальный из которых состоит из 10 аминокислотных остатков (его координаты: 200-210). Можно видеть, что последовательность белка ACCA_CLOCE начинается с инделя из 57 гэпов, что обусловлено меньшей длиной последовательности (вероятно, из-за когда-то произошедшей и закрепившейся делеции) и не противоречит выводу о гомологичности рассмотренных белков.