1. Сравнение выравниваний
В рамках этого задания было проведено сравнение трех множественных выравнивайний одних и тех же последовательностей (ACCA_ECOLI и ACCA_BACSU), но построенных разными программами: Mafft, Muscle и ClustalW. Для построения также была использована третья последовательность, ACCA_POLAQ, однако при сравнении она не учитывалась и для удобства была удалена.
Результаты сравнения приведены в таблице 1. Выравнивание в виде проекта Jalview можно найти здесь.
| # | Mafft | Muscle | ClustalW | Описание |
| 1 |
T (25) S (26) |
- S (26) |
T (25) S (26) |
Выравнивания Mafft и ClustalW в этом участке совпадают. Muscle же, вместо сопоставления треонина серину, вставил гэп. |
| 2 |
Q (26) Q (28) |
T (25) Q (28) |
Q (26) Q (28) |
А дальше Muscle вставил еще один гэп, из-за чего в данном примере Q(28) выровнен с T(25). Этот треонин уже был использован другими программами двумя столбцами ранее. Выравнивания Mafft и ClustalW снова совпадают. |
| 3 |
S (28) E (30) |
D (27) E (30) |
S (28) E (30) |
Здесь Muscle сопоставил аспартат глутамату, что по весу более выгодно, чем выравнивание глутамата с серином, но все еще не так выгодно, как возможное выравнивание Q-Q из прошлого примера. |
Таблица 1. Результаты сравнения множественных выравниваний последовательностей ACCA_ECOLI и ACCA_BACSU.
Все три выравнивания в целом очень похожи, основные различия вносит выравнивание программы Muscle - оно содержит больше гэпов и отличные от Mafft и ClustalW пары сопоставленных аминокислотных остатков, причем по весу менее выгодные. Исходя из этого, можно предположить, что при выравнивании сильно схожих между собой последовательностей более правдивыми являются выравнивания программ Mafft и ClustalW.