Упражнения на Emboss
1. Несколько файлов в формате .fasta собрать в единый файл
2. Один файл в .fasta с несколькими последовательностями разделить на отдельные .fasta файлы
$ seqretsplit dicdi.fasta -auto
Исходные файлы: dicdi.fasta
Результат: полученные файлы собраны в этой директории
4. Транслирование нуклеотидной последовательности
5. Вывести открытые рамки длиной не менее заданной, имеющиеся в данной нуклеотидной последовательности
6. Перевод выравнивания из .fasta в .msf
$ seqret alignment.fasta -outseq msf::alignment.msf
Исходные файлы: alignment.fasta
Результат: alignment.msf
7. Число совпадающих букв
$ infoalign alignment.fasta -refseq 2 -outfile p7_result.txt -only -name -idcount
Исходные файлы: alignment.fasta
Результат: p7_result.txt
8. Featcopy
10. Перемешать буквы в данной нуклеотидной последовательности
$ shuffleseq -sequence p10.fasta -outseq p10_result.fasta
Исходные файлы: p10.fasta
Результат: p10_result.fasta
11. Создать три случайных нуклеотидных последовательностей длины 100
$ makenucseq -length 100 -amount 3 -outseq p11_result.fasta -auto
Результат: p11_result.fasta
12. Найти частоты кодонов в данных кодирующих последовательностях
$ compseq p11_result.fasta -word 3 -outfile p12_result.txt
Исходные файлы: p11_result.fasta
Результат: p12_result.txt
14. Удалить символы гэпов из выравнивания
$ degapseq alignment.fasta p14_result.fasta
Исходные файлы: alignment.fasta
Результат: p14_result.fasta
$ seqret "*_dicdi.fasta" dicdi.fasta
Исходные файлы: *_dicdi.fasta
Результат: dicdi.fasta