Геномное окружение. База данных GO
| Name | Accession | Description | Interval | E-value |
| NifD | COG2710 | Nitrogenase molybdenum-iron protein, a and b chains [Inorganic ion transport and metabolism] | 25-483 | 1.25e-143 |
Полное название COG - альфа и бета-цепи молибден-железного белка нитрогеназы (Nitrogenase molybdenum-iron protein, alpha and beta chain). COG относится к функциональной категории транспорта и метаболизма неорганических ионов (Inorganic ion transport and metabolism). При длине белка в 484аа, COG приходится на осатки 25-483. Покрытие составляет 94,8%.
Визуализация геномного окружения
С помощью COGNAT было получено изображение геномного окружения выбранного COG. Параметры запуска: COG: COG2710, Neighborhood Size: 9, Occurrence Threshold: 20%, Taxonomy: Нет.
Рисунок 1. Геномное окружение COG2710
Отнесение молибден-железного белка нитрогеназы из Herbaspirillum rubrisubalbicans M1 к терминам GO
С помощью опции поиска BLAST инструмента AMIGO был произведен поиск гомологов нашего белка. Им оказался nitrogenase molybdenum-iron protein, alpha chain из Geobacter sulfurreducens PCA. Функционально белки можно считать одним и тем же. P-value находки составило 5.0e-170. В таблице 1 представлены результаты отнесения белка ALU89561.1 к терминам GO.
Таблица 1. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot P77874 (NIFD_HERSE)
| Аспект | Идентификатор GO | Название термина | Перевод названия термина | Перевод названия термина |
| biological process | GO:0009399 | nitrogen fixation | Фиксация азота | ISS |
| cellular component | GO:0016612 | molybdenum-iron nitrogenase complex | Молибден-железный комплекс нитрогеназы | ISS |
| molecular function | GO:0016163 | nitrogenase activity | Нитрогеназная активность | ISS |
Таблица 2. Описание кодов достоверности, использованных в Таблице 1
| Код типа достоверности | Расшифровка кода типа достоверности | Объяснение | |
| ISS | Inferred from Sequence or structural Similarity | Присваивается, когда компьютерный анализ последовательности или структуры для аннотации был проведен вручную. Также для присвоения ISS анализ должен проводиться с использованием нескольких программ или методов. При невыполнении одного из условий используют одну из подкатегорий ISS. |
В данном практикуме был определен кластер ортологичных генов, к которому относится белок ALU89561.1. Были найдены входящие в выбранный COG гены и их геномное окружение в разных прокариотических геномах. Для наиболее похожего на наш белок из базы GO были получены термины GO. Термины можно найти в таблице 1, описание единственного кода типа достоверности, встретившегося в первой таблице - в таблице 2.
Для работы была выбрана a-субъединица молибден-железного белка нитрогеназы из Herbaspirillum rubrisubalbicans M1, описанная в первом семестре. С помощью сервиса Conserved Domain Database (CDD) был найден кластер ортологичных генов (COG), который включает расматриваемый белок.