1. База данных OPM
| Name | Bacterial semiSWEET transporter | Adhesin yadA |
| PDB ID | 4X5M | 2LME |
| Hydrophobic thickness | 31.6 ± 1.9 Å | 23.4 ± 2.2 Å |
| TM segments | 1( 4- 24), 2( 37- 58), 3( 60- 82) | 1( 35- 44), 2( 54- 62), 3( 67- 76), 4( 83- 89), 5( 96- 103) |
| Average aa per str | 23 | 20 |
| Localization | Bacterial Gram(-) inner membrane | Bacterial Gram(-) outer membrane |
| Illustrations |  |
 |
Таблица 1. Параметры белков 4X5M и 2LME
2. Анализ предсказания трансмембранных спиралей
TMHMM
# 4X5M:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Length: 100 # 4X5M:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Number of predicted TMHs: 3 # 4X5M:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Exp number of AAs in TMHs: 63.69358 # 4X5M:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Exp number, first 60 AAs: 41.87 # 4X5M:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Total prob of N-in: 0.00785 # 4X5M:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE POSSIBLE N-term signal sequence 4X5M:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 outside 1 3 4X5M:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 TMhelix 4 21 4X5M:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 inside 22 33 4X5M:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 TMhelix 34 56 4X5M:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 outside 57 59 4X5M:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 TMhelix 60 82 4X5M:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 inside 83 100
Рисунок 1. Предсказание вторичной структуры белка 4X5M с помощью сервиса TMHMM
В верхней части графика (между 1 и 1.2) показаны лучшие предсказания.
По оси x отложена анализируемая аминокислотная последовательность.
По оси y - вероятность того или иного положения участка молекулы (inside/outside/TM)
Легенда объясняет предназначение использованных цветов.
Границы предсказанных трансмембранных вторичных структур отличаются на 1-2 аминокислотных остатка. В остальном полученная с помощью TMHMM и представленная в базе данных OPM структуры совпадают.
Phobius
ID 4X5M:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE FT SIGNAL 1 18 FT REGION 1 2 N-REGION. FT REGION 3 14 H-REGION. FT REGION 15 18 C-REGION. FT TOPO_DOM 19 33 NON CYTOPLASMIC. FT TRANSMEM 34 53 FT TOPO_DOM 54 59 CYTOPLASMIC. FT TRANSMEM 60 82 FT TOPO_DOM 83 100 NON CYTOPLASMIC.
Рисунок 2. Предсказание вторичной структуры белка 4X5M с помощью сервиса Phobius
Phobius предсказал только две трансмембранные части молекулы из трех, недостающую часть сервис определил как сигнальный пептид.
По оси у отложена постериорная вероятность положения участка структуры.
По оси х - аминокислотная последовательность.
Что касается границ трансмембранных участков молкулы, погрешность в предсказании Phobius больше, чем в предсказании TMHMM.
3. База данных TCDB
В базе данных TCDB из рассмотренных выше белков удалось найти только белок 2LME. Находке соответствует TCID 1.B.40.1.1. Расшифровка идентификатора данного белка представлена в таблице ниже:
| TC-код | Значение |
| 1. | Класс трансмембранных белков, образующих поры или каналы. |
| 1.B. | β-бочонковые порины. Белки этого подкласса состоят ислючительно из бета-слоев, формирующих бета-бочонок, и обычно обеспечивают пассивный транспорт растворенного вещества через мембрану. Характерная локализаия этих поринов - наружная мембрана грамотрицательных бактерий, митохондрий, пластид и, вероятно, устойчивых к кислотам грамположительных бактерий. |
| 1.B.40. | Семейство автотранспортеров второго типа. Семейство составляют тримерные автотранспортерные адгезины (trimeric autotransporter adhesins), состоящие из трех основных доменов: N-концевого участка, опосредующего адгезию к клетке-хозяину, альфа-спиральной ножки (stalk), которая служит для разнесения в пространстве N-конца и поверхности мембраны клетки-хозяина, а также для устойчивости к внутренних защитным механизмам, и C-концевого якорного домена, образующего пору для автотранспорта. |
| 1.B.40.1.1 | Сам белок YadA (2LME), обнаруженный у патогенных бактерий рода Yersinia и повышающий их вирулентность. |
Таблица 2. Расшифровка идентификатора 1.B.40.1.1, принадлежащего белку 2LME.
Для предсказания вторичной структуры трансмембранного белка 4X5M его аминокислотная последовательность была загружена на веб-сервис TMHMM. Ниже приведены результаты в текстовом и графическом виде: