Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме |
|||||
Pfam AC | Pfam ID | Полное название семейства доменов | Положение в последовательности белка NAMA_BACSU | Клан | |
PF00724 | 1oya | Семейство включает в себя разновиднсти NADH:флавиновых оксидоредуктаз или NADH-оксидазных ферментов встречаются чаще в бактериях и грибах и содержат TIM-бочку.Обычно включают в себя FMN/FAD как кофактор. | 4–327 | Клан TIM_barrel (CL0036), содержит 54 семейства, у пяти неизвестна функция. |
Таксон
|
Количество белков с доменом PF00724.
|
|
Эукариоты | Зеленые растения | 30 |
Грибы | 67 | |
Животные | 2 | |
Остальные эукариоты | 18 | |
Бактерии | 1135 | |
Археи | 32 |
Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis
№ | PFAM ID | Bacillus subtilis |
1. | Oxidored_FMN | YQIG_BACSU |
2. | Oxidored_FMN | NAMA_BACSU |
Домен PF00724 (Oxidored_FMN) встречается в сочетании с разными доменами, причем бывает как на N-, так и на С-конце последовательности, а также может встречаться дважды и в разных семействах белков.
Прикреплённый файл - выравнивание-затравка (seed) для N-концевого домена белков (.msf).
Сигнатуры в InterPro.
Комментарии:
Обе интегрированные сигнатуры (Oxidored_FMN&Aldolase_TIM) занимают почти всю длину белка, однако Aldolase-TIM (бочка) немного длиннее (334/322). Также, в Pfam сигнатура Oxidored_FMN на один а.о. длиннее и к тому же Pfam включил Oxidored_FMN в клан TIM-бочек, а InterPro выделил его отдельно как самостоятельную сигнатуру.