Работа с базой данных Pfam.

Cхема из Pfam:

Пояснения к схеме
Pfam AC Pfam ID Полное название семейства доменов Положение в последовательности белка NAMA_BACSU Клан
PF00724 1oya Семейство включает в себя разновиднсти NADH:флавиновых оксидоредуктаз или NADH-оксидазных ферментов встречаются чаще в бактериях и грибах и содержат TIM-бочку.Обычно включают в себя FMN/FAD как кофактор. 4–327 Клан TIM_barrel (CL0036), содержит 54 семейства, у пяти неизвестна функция.

Представленность домена PF00724 в организмах разных видов

Таксон
Количество белков с доменом PF00724.
Эукариоты Зеленые растения 30
Грибы 67
Животные 2
Остальные эукариоты 18
Бактерии 1135
Археи 32

Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis

№ PFAM ID Bacillus subtilis
1. Oxidored_FMN YQIG_BACSU
2. Oxidored_FMN NAMA_BACSU


PF00890: The flavoprotein subunit is a protein of about 60 to 70 Kd to which FAD is covalently bound to a histidine residue which is located in the N-terminal section of the protein This family is a member of clan NADP_Rossmann (CL0063)


PF00724: The TIM-barrel fold is a closed barrel structure composed of an eight-fold repeat of beta-alpha units, where the eight parallel beta strands on the inside are covered by the eight alpha helices on the outside. It is a widely distributed fold which has been found in many enzyme families that catalyse completely unrelated reactions. The active site is always found at the C-terminal end of this domain. This family is a member of clan TIM_barrel (CL0036)


PF00201: UDP glycosyltransferases (UGT) are a superfamily of enzymes that catalyzes the addition of the glycosyl group from a UTP-sugar to a small hydrophobic molecule.These enzymes share a conserved domain of about 50 amino acid residues located in their C-terminal section. This family is a member of clan GT-B (CL0113)


PF00724: Proteins in this entry are a variety of NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase enzymes, found mostly in bacteria or fungi, that contain a TIM-barrel fold. The TIM-barrel fold is a closed barrel structure composed of an eight-fold repeat of beta-alpha units, where the eight parallel beta strands on the inside are covered by the eight alpha helices on the outside. This family is a member of clan TIM_barrel (CL0036)

Домен PF00724 (Oxidored_FMN) встречается в сочетании с разными доменами, причем бывает как на N-, так и на С-конце последовательности, а также может встречаться дважды и в разных семействах белков.

Прикреплённый файл - выравнивание-затравка (seed) для N-концевого домена белков (.msf).

Сигнатуры в InterPro.


Комментарии:
Обе интегрированные сигнатуры (Oxidored_FMN&Aldolase_TIM) занимают почти всю длину белка, однако Aldolase-TIM (бочка) немного длиннее (334/322). Также, в Pfam сигнатура Oxidored_FMN на один а.о. длиннее и к тому же Pfam включил Oxidored_FMN в клан TIM-бочек, а InterPro выделил его отдельно как самостоятельную сигнатуру.

©Турал Я.Я.