A- и B-формы ДНК. Структура РНК.

Внешний вид молекулы ДНК в A-, B- и Z-формах соответственно.

• Работа с ACDChemSketch.
  В сторону малой борозды "смотрят" атомы аденина с названиями в RasMol C2, C4, N1, N3; а в сторону большой - C5, C6, N6, N7.
  Файл с наглядным указанием соответствующих атомов.
• Сравнение основных спиральных параметров разных форм ДНК.

  	A-форма	B-форма	*Z-форма
  Тип спирали (правая или левая)	Правая	Правая	Левая
  Шаг спирали (A*)	28,5	34,75	47
  Число оснований на виток	12	10	11
  Ширина большой борозды	13,7 [A34B.P-A10A.C1*]	20,58 [C8A.P-C28B.P]	18,3 [C4A.P-G14B.P]
  Ширина малой борозды	9,84 [C24B.P-A10A.O5*]	13,2 [A30B.P-C16A.P]	8,68 [C7A.P-G19B.P]

• Сравнение торсионных углов в структурах А- и В-форм (аденин).
  
  

  Углы	&alpha	&beta	&gamma	&delta	&epsilon	&xi	&chi
  А-форма [Презентация]	-62	173	52	88 или 3	178	-50	-160
  А-форма [RasMol]	-51.7	174.78	41.67	79.1	-147.8	-75.1	-157.2
  B-форма [Презентация]	-63	171	54	123 или 131	155	-90	-117
  B-форма [RasMol]	-29.89	136.33	31.2	143.34	-140.77	-160.5	-98

• Определение параметров структур нуклеиновых кислот с помощью программ пакета 3DNA.
  Данная структура тРНК содержит 12[6] неканонических пар, например GU и CA.
  Акцепторный стебель: 1-7 и 66-72
  D-стебель: 10-12 и 23-25
  T-стебель: 49-53 и 61-65
  Антикодоновый стебель: 38-44 и 26-32
  Стабилизирующие структуру пары: 55-18, 54-58, 73-74, 19-56, 16-59, 15-48, 14-46, 13-9.
  
• 
  
  
  Пара с наибольшим перекрыванием.

©Турал Я.Я.