Комплексы ДНК-белок.

• Скрипт №1, определяющий множества атомов кислорода рибозы, кислорода в остатках фосфорной кислоты и азота в азотистых основаниях.
  
• Скрипт №2, строящий изображения структуры с выделенными множествами.
  
• Контакты разного типа в комплексе 1bdt.pdb

  Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
  остатками 2'-дезоксирибозы	12	5	17
  остатками фосфорной кислоты	7	11	18
  остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	13	1	14
  остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	19	0	19

  
  

• 
  
  
  Met4 разных цепей наиболее активно взаимодействуют с молекулой ДНК, так что можно предпрложить, что он играет одну из основных ролей в связывании молекулы.
  
  
  

• Участок структуры	Позиции в структуре (по результатам find_pair)	Результаты предсказания с помощью einverted	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
  Акцепторный стебель	1-7 и 66-72	1-8 и 63-70	1-7 и 64-70
  D-стебель	10-12 и 23-25	-	8-11 и 18-21
  T-стебель	49-53 и 61-65	-	47-51 и 59-63
  Антикодоновый стебель	38-44 и 26-32	-	36-45 и 24-32
  Общее число канонических пар нуклеотидов	22	8	25

  
  

©Турал Я.Я.