Gene Ontology.

  1. Описание функции белка namA_BACSU в соответствии с GO-аннотацией

      Онтология GO (название словаря) Количество разных ассоциированных терминов GO Функция белка
    (краткое описание, близкое к тексту определения термина(ов) GO
    Где?      
    Зачем, для чего? Process 2 1)метаболический процесс
    2)оксидоредуктазный процесс
    Молекулярный механизм? Function 6 1)каталитическая активность
    2)NADPH-дегидрогеназная активность
    3)связывание флавинмононуклеотида
    4)оксидоредуктазная активность
    5)трихлор-п-гидрохинон-дегалогеназная активность
    6)Пентаэритриттринитратредуктазная активность
    Специфичность?      

  2. Описание терминов GO

    GO ID выбранного термина Список синонимов Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи
    GO:0018548 xenobiotic reductase activity is_a (inferred) molecular_function (GO:0003674)
    is_a (inferred) catalytic activity (GO:0003824)
    is_a (inferred) oxidoreductase activity (GO:0016491
    is_a oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors (GO:0016661)    		 -
    GO:0052690 related: pentaerythritol tetranitrate reductase activity
    related: tetrachlorohydroquinone reductive dehalogenase activity
    exact: trichlorohydroquinone reductive dehalogenase activity
    broad: xenobiotic reductase activity    		 is_a (inferred) molecular_function (GO:0003674)
    is_a (inferred) catalytic activity (GO:0003824)
    is_a (inferred) oxidoreductase activity (GO:0016491)
    is_a oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors (GO:0016667)
    is_a oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors (GO:0016661)     		-
    GO:0003959 exact: dihydronicotinamide adenine dinucleotide phosphate dehydrogenase activity
    alt_id: GO:0008468
    alt_id: GO:0016660
    exact: NADPH diaphorase activity
    exact: NADPH-dehydrogenase activity
    exact: NADPH2 diaphorase activity
    exact: NADPH2-dehydrogenase activity
    exact: NADPH:(acceptor) oxidoreductase activity
    exact: NADPH:acceptor oxidoreductase activity
    related: old yellow enzyme

    related: OYE
    exact: reduced nicotinamide adenine dinucleotide phosphate dehydrogenase activity
    exact: TPNH dehydrogenase activity
    exact: TPNH-diaphorase activity
    exact: triphosphopyridine diaphorase activity
    exact: triphosphopyridine nucleotide diaphorase activity
    is_a (inferred) molecular_function (GO:0003674)
    is_a (inferred) catalytic activity (GO:0003824)
    is_a (inferred) oxidoreductase activity (GO:0016491)
    is_a oxidoreductase activity, acting on NADH or NADPH (GO:0016651)     		is_a NADPH dehydrogenase activity
  3. Род пшеница-Triticum(англ. Wheat)
    NCBI_TaxID - 4564

    Соотношение между реальными и гипотетическими белками из рода Triticum (по данным UniProt)

      Количество в UniProt Количество в UniRef100
    Существование белка доказано экспериментально 182 327
    Известны только соответствующие транскрипты 2523 2495
    Гипотетический белок, предсказан по гомологии 620 688
    Иные предсказанные гипотетические белки 3195 2584

  4. Для работы была выбрана бактерия Acaryochloris marina.
    В ее протеоме описано 8172 белка.
    Термины GO приписаны 46% белков(3745).
    Наиболее распространенный словарь - F(function). За ним идет P, потом C.
    Наиболее распространенные термины: Р: процесс биосинтеза жирных кислот, С: цитоплазма, F: связывание АТФ.

  5. Карбоксилирование - GO:0018214, carboxylation. Оно относится к словарю Biological Process.
    Однако SRS не находит ни одного белка пшеницы, которому был бы приписан этот GO ID. И на запрос [uniprot-AllText:GO:0018214*] выдается ровно один белок из мыши.

©Турал Я.Я.