EC (классификация ферментов). KEGG (Метаболические пути).

  1. Мой белок - namA_BACSU
    Он является NADPH-дегидрогеназой
    Его код EC=1.6.99.1
    1 = оксидоредуктаза
    6 = взаимодействует с NADH или NADPH
    99 = с прочими акцепторами
    1 = NADPH-дегидрогеназа
    NADPH + H+ + acceptor = NADP+ + reduced acceptor
  2. Метаболическая карта для моего фермента не представлена.

  3. beta-D-fructose 6-phosphate (бета-6-фруктоза 6-фосфат)
    Идентификатор C05345





    D-Ribose (D-рибоза) Идентификатор C00121



  4. Выбранная цепочка ферментативных реакций:
    путь: пентозофосфатный путь
    цепочка: D-рибоза бета-6-фруктоза 6-фосфат




  5. Организм Возможна ли цепочка реакций
    (да/нет/неизвестно)
    Обоснование
    Escherichia coli K-12 MG1655 да есть все нужные ферменты
    Archaeoglobus fulgidus нет так как отсутствуют два необходимых фермента
    Arabidopsis thaliana да есть все нужные ферменты
    Homo sapiens да есть все нужные ферменты


  6. Код моего фермента - 2.7.2.3. Это фосфоглицерат киназа.
    Для археи была найдена 1 последовательность, для человека - 9. Белок археи имеет в себе только этот домен. Среди белков человека встречаются белки либо с такой же организацией, либо у них два таких домена.
    Для поиска ортологов были выбраны белки PGK1_HUMAN и PGK_ARCFU. Для археи лучший ортолог - PHYPADRAFT_169245, для человека - RRC531 Вероятно, функция данного фермента совершенно не менялась в ходе эволюции и не различается у разных организмов, поэтому различия в доменной организации столь малы.


©Турал Я.Я.