EC (классификация ферментов). KEGG (Метаболические пути).

1. Мой белок - namA_BACSU
   Он является NADPH-дегидрогеназой
   Его код EC=1.6.99.1
   1 = оксидоредуктаза
   6 = взаимодействует с NADH или NADPH
   99 = с прочими акцепторами
   1 = NADPH-дегидрогеназа
   NADPH + H+ + acceptor = NADP+ + reduced acceptor
2. Метаболическая карта для моего фермента не представлена.
3. 
   beta-D-fructose 6-phosphate (бета-6-фруктоза 6-фосфат)
   Идентификатор C05345
   
   
   
   
   
   D-Ribose (D-рибоза) Идентификатор C00121
   
   
   
   

4. Выбранная цепочка ферментативных реакций:
   путь: пентозофосфатный путь
   цепочка: D-рибоза ↔ бета-6-фруктоза 6-фосфат
   
   
   
   

5. Организм	Возможна ли цепочка реакций (да/нет/неизвестно)	Обоснование
   Escherichia coli K-12 MG1655	да	есть все нужные ферменты
   Archaeoglobus fulgidus	нет	так как отсутствуют два необходимых фермента
   Arabidopsis thaliana	да	есть все нужные ферменты
   Homo sapiens	да	есть все нужные ферменты

   
   
   
6. Код моего фермента - 2.7.2.3. Это фосфоглицерат киназа.
   Для археи была найдена 1 последовательность, для человека - 9. Белок археи имеет в себе только этот домен. Среди белков человека встречаются белки либо с такой же организацией, либо у них два таких домена.
   Для поиска ортологов были выбраны белки PGK1_HUMAN и PGK_ARCFU. Для археи лучший ортолог - PHYPADRAFT_169245, для человека - RRC531 Вероятно, функция данного фермента совершенно не менялась в ходе эволюции и не различается у разных организмов, поэтому различия в доменной организации столь малы.

©Турал Я.Я.