Простейший профиль: частотная матрица.
- Создание матрицы
Файл с матрицей.
По-видимому, prophecy создает на основе выравниванию частотную матрицу и также подбирает по нему консенсусную последовательность.
- Поиск схожих участков в белках БД Swiss-Prot
Файл с выдачей программы.
Программа profit обрабатала последовательности из БД ориентируясь частотной матрицей (полученной ранее).
Excel-файл с обработанными результатами.
Находок всего - 61516 (51816 после учета совпадений)
Находок со счетом больше 40: 1307
Находок со счетом больше 50: 773
Находок со счетом больше 60: 735
ROC-кривая:
Верных находок профиля - 151, ложных - 51665.
Число ненайденных белков подсемейства - 0.
Чувствительность профиля - 1.
Селективность - 0,0029.
При повышении порога отбора результатов до 80 теряются 18 правильных находок, суммарно же остается 155 находок:
Точность: 0,88
Селективность : 0,85
При установлении порога, где точность обоих поисков совпадалет, селективность результатов поиска с помощью профиля становится меньше, чем у поиска по паттерну, т.е. последний работает лучше.
©Турал Я.Я.