Занятие 10

Задание 1

Найденный в RL17_BACSU паттерн(PS01167):
Ribosomal protein L17 signature - [IL]-x-[STV]-[GT]-x(2)-[KR]-x-[KRAF]-x(6)-[DE]-x-[LIMV]-[LIVMT]-[TE]-x-[STAG]-[KR]

Характеристики:
Ошибочные хиты: 0
Количество частичных последовательностей, которые узнаются по паттерну, но не засчитываются как результат вследствие того, что они частичные (фрагмент): 1
Точность: 100.00 %
Количество известных пропусков: 96
Чувствительность: 87.94 %
Описание:
Рибосомный белок L17 - один из белков большой субъединицы рибосомы. L17 принадлежит семейству рибосомальных белков, которые группируются на основе сходств в последовательности:

• Эубактериальные L17.
• Митохондриальный YmL8 дрожжей (ген MRPL8).



Cоздание паттерна

Bacillales: BACAN, BACSU, CLOTE, GEOKA, LISMO, STAES
Actinobacteria: ARTAT, BEUC1, BIFLD
Bacteroidetes:AZOPC, CYTH3, FLAPJ

Выравнивание:
Файл.msf
Оригинальный паттерн встречается в 151 белках Firmicutes.
Мой паттерн составлен по другой части выравнивания:


G-G-Y-T-R-x(2)-[KR]-x(2)-[APN]-x(2)-G-D-x-A-[PE]-x(2)-[IL]-[VIL]
Он находит 121 (80% от суммарного числа) белок Firmicutes, без находок из других семейств белков.

©Турал Я.Я.