Название | Мнемоника |
Bacillus anthracis | BACAN |
Bacillus subtilis | BACSU |
Lactobacillus delbrueckii | LACDA |
Lactococcus lactis | LACLM |
Pediococcus pentosaceus | PEDPA |
Staphylococcus epidermidis | STAES |
Thermoanaerobacter tengcongensis | THETN |
1) {THETN, LACDA, PEDPA, LACLM} против {BACAN, BACSU, STAES}
2) {LACDA, PEDPA, LACLM} против {THETN, BACAN, BACSU, STAES}
3) {LACDA, PEDPA} против {THETN, BACAN, BACSU, STAES, LACLM}
4) {BACAN, BACSU} против {THETN, LACDA, PEDPA, LACLM, STAES}
Scientific Name Bacillus anthracis
Lineage Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus cereus group
Scientific Name Bacillus subtilis
Lineage Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus subtilis group
Scientific Name Lactobacillus delbrueckii
Lineage Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Lactobacillus
Scientific Name Lactococcus lactis
Lineage Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Lactococcus
Scientific Name Pediococcus pentosaceus
Lineage Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Pediococcus
Scientific Name Staphylococcus epidermidis
Lineage Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Staphylococcaceae; Staphylococcus
Scientific Name Thermoanaerobacter tengcongensis
Lineage Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Thermoanaerobacterales; Thermoanaerobacteraceae; Caldanaerobacter; Caldanaerobacter subterraneus
Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales: (BACAN,BACSU)
Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales: ((LACDA,PEDPA),(LACLM))
Выбран белок-энолаза (Enolase (4.2.1.11) (2-phospho-D-glycerate hydro-lyase)/(2-phosphoglycerate dehydratase)).
Скобочная формула: ((THETN,(BACSU,(BACAN,((LACLM,STAES),PEDPA)))),LACDA);
Изображение нового дерева против оригинального
Свое положение сохранила лишь ветвь (THETN).
LACDA 0.000000 0.758909 0.680436 0.780235 0.801205 0.693814 0.707364
PEDPA 0.758909 0.000000 0.441413 0.427730 0.363539 0.399580 0.397239
THETN 0.680436 0.441413 0.000000 0.431330 0.436594 0.299499 0.348618
STAES 0.780235 0.427730 0.431330 0.000000 0.251630 0.311242 0.283263
LACLM 0.801205 0.363539 0.436594 0.251630 0.000000 0.352566 0.337877
BACSU 0.693814 0.399580 0.299499 0.311242 0.352566 0.000000 0.234548
BACAN 0.707364 0.397239 0.348618 0.283263 0.337877 0.234548 0.000000
Ультраметричность
(PEDPA,BACSU) = 0.399580
(PEDPA,LACDA) = 0.758909
(LACDA,BACSU) = 0.693814
0.758909 - 0.693814 = 0,065095
Относительное отклонение - 0,1626.
Аддитивность
PEDPA,THETN,STAES,BACSU:
(PEDPA,THETN) + (STAES,BACSU) = 0.441413 + 0.311242 = 0.752655
(PEDPA,STAES) + (THETN,BACSU) = 0.427730 + 0.299499 = 0,727229
(PEDPA,BACSU) + (STAES,THETN) = 0.399580 + 0.431330 = 0,83091
Относительное отклонение - 0,106.
Единственная правильная ветвь в обоих деревьях - (BACSU,BACAN), во втором также есть верная ветвь (LACDA,PEDPA)
Дерево укоренено в ветвь (LACDA,ост.), что является ошибкой.
Только одна верная ветвь - (BACSU,BACAN).
Относительно ECOLI дерево укоренено верно, но в остальном неправильно. Укоренение произошло в ветвь (LACDA,ост.).
Верных ветвей нет.
Ссылка на выходной файл:
adal.fconsense
Верных ветвей нет.
Угаданные, но не получившие достаточной поддержки ветви:
(BACSU,BACAN) - 12.00
(LACDA,PEDPA) - 6.50
Бактерия | AC записи NCBI, описывающей полный геном бактерии | Фрагмент генома бактерии, кодирующий 16S rRNA (все фрагменты лежат на цепях, выбранных для записи) |
LACLM | CP000425 | 519838..519910 |
THETN | AE008691 | 53858..55384 |
LACDA | CP000156 | 37603..40590 |
BACAN | AE016879 | 9335..10841 |
BACSU | AL009126 | 9810..11364 |
PEDPA | CP000422 | 118704..121626 |
STAES | AE015929 | 1598006..1599559 |
Дерево построено правильно.
+--HSLU_BACAN
+----12
! +--CLPY_BACSU
+-11
! ! +--HSLU_STAES
+--------------9 +----10
! ! +--HSLU_THETN
! !
! +-----------HSLU_LACDA
+-----8
! ! +--CLPX_LACLM
! ! +--------7
! ! ! +--CLPX_PEDPA
! +--------------6
! ! +--CLPX_STAES
+--3 ! +--5
! ! +-----4 +--CLPX_BACSU
! ! !
! ! +-----CLPX_THETN
1 !
! ! +--CLPC_STAES
! +-----------------------------2
! +--CLPC_BACSU
!
+-----------------------------------CLPE_BACSU
Примеры ортологов:
HSLU_THETN и HSLU_STAES; CLPX_PEDPA и CLPX_LACLM; CLPX_STAES и CLPX_BACSU.
Примеры паралогов:
CLPC_BACSU и CLPX_BACSU, CLPX_STAES и CLPC_STAES.