Рассеяние на кристалле, разрешение гармоники, разрешение структуры, фазовая проблема.

Статья по моему белку 1Z41.

Результат BLAST моего белка против банка PDB: Custom Report.xls

Разбор статьи
a.Биологический смысл статьи: Описание первого представителя нового подсемейства OYE белка YqjM, выделенного из Bacillus subtilis.
b.Разрешение структуры - 1.3 A
c.Фазовая проблема решена с помощью молекулярного замещения.
d.R_cryst - 18.9%; R_free - 23.7%
e.Источники:
Статья, описывающая белок
EDS
PDB
f. Выравнивание последовательностей белка из UniProt и PDB

CLUSTAL O(1.1.0) multiple sequence alignment

Uniprot MARKLFTPITIKDMTLKNRIVMSPMCMYSSHEKDGKLTPFHMAHYISRAIGQVGLIIVEA 60
RCSB    MARKLFTPITIKDMTLKNRIVMSPMCMYSSHEKDGKLTPFHMAHYISRAIGQVGLIIVEA 60
        ************************************************************

Uniprot SAVNPQGRITDQDLGIWSDEHIEGFAKLTEQVKEQGSKIGIQLAHAGRKAELEGDIFAPS 120
RCSB    SAVNPQGRITDQDLGIWSDEHIEGFAKLTEQVKEQGSKIGIQLAHAGRKAELEGDIFAPS 120
        ************************************************************

Uniprot AIAFDEQSATPVEMSAEKVKETVQEFKQAAARAKEAGFDVIEIHAAHGYLIHEFLSPLSN 180
RCSB    AIAFDEQSATPVEMSAEKVKETVQEFKQAAARAKEAGFDVIEIHAAHGYLIHEFLSPLSN 180
        ************************************************************

Uniprot HRTDEYGGSPENRYRFLREIIDEVKQVWDGPLFVRVSASDYTDKGLDIADHIGFAKWMKE 240
RCSB    HRTDEYGGSPENRYRFLREIIDEVKQVWDGPLFVRVSASDYTDKGLDIADHIGFAKWMKE 240
        ************************************************************

Uniprot QGVDLIDCSSGALVHADINVFPGYQVSFAEKIREQADMATGAVGMITDGSMAEEILQNGR 300
RCSB    QGVDLIDCSSGALVHADINVFPGYQVSFAEKIREQADMATGAVGMITDGSMAEEILQNGR 300
        ************************************************************

Uniprot ADLIFIGRELLRDPFFARTAAKQLNTEIPAPVQYERGW 338
RCSB    ADLIFIGRELLRDPFFARTAAKQLNTEIPAPVQYERGW 338
        **************************************

Они идентичны на 100%.

©Турал Я.Я.