Практикум 7. А- и В-формы ДНК.

1. С помощью программы fiber пакета 3DNA командами

   fiber -a gatc-a.pdb

и

fiber -b gatc-b.pdb (+ ответы на поставленные командой вопросы)

были построены A- (gatc-a.pdb) и B-формы (gatc-b.pdb) дуплекса ДНК, последовательностью одной из нитей которого является 4 раза повторенная последовательность "gatc".
 

2. После изучения этих файлов была заполнена таблица

   	A-форма	B-форма	Файл dna33.pdb
   Тип спирали (правая или левая)	правая	правая	правая
   Шаг спирали (Å)	28,02	33,75	30,04
   Число оснований на виток	11	10	10
   Ширина большой бороздки	7,98	17,21	16,41 P324 (Основание - аденин)
   Ширина малой бороздки	16,80	11,69	8,86 P406 (Основание - цитозин)

   
     Выводы - исследуемая ДНК (dna33.pdb) больше напоминает B-форму(по ширине малой и большой бороздок, количеству нуклеозидов на виток спирали)
3. Был проведен анализ всех трёх структур ДНК с использованием программ find_pair и analyze. На выходе с конвейера этих двух программ( find_pair -t dna33.pdb stdout | analyze) был получен файл dna33.out. В этом файле содержится вся та информация, которую требовалось получить в 1 задании, а так же многое другое. В том числе, значения торсионных углов в молекуле. углы в А-форме углы в В-форме углы в DNA33.pdb

   По значениям торсионных углов определяем, что действительно ДНК из файла dna33.pdb более похожа на B-форму.

   Интересной и полезной показалась информация про параметры спирали DNA33: отклонение спирали DNA33 от стандартной линейной спирали, угол поворота спирали, подъем спирали и т.д. По этим параметрам удобно сравнивать любые две ДНК.
    

   А-форма ДНК

   
   

   B-форма ДНК

   
   

   Исследуемая ДНК(dna33.pdb)