Practice9

Отчет по 9-ому практикуму. Взаимодействия ДНК-белок

Заданный белок - терминатор репликации, данный в комплексе с ДНК.
PDB файл (1ECR.pdb) состоит из:
DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*AP*TP*AP*CP*T)- 3 (1ECR:B)
DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*AP*TP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*AP*CP*TP*A)- 3 (1ECR:C)
PROTEIN (REPLICATION-TERMINATOR PROTEIN) (1ECR:A)
Для заполнения таблицы был использован скрипт. Соответсвующие результаты в виде таблицы:

Таблица. Контакты разного типа в комплексе 1ECR

	Полярные	Гидрофобные	Всего
Контакты белка с ДНК
... остатками 2'-дезоксирибозы	5	43	48
... остатками фосфорной кислоты	22	26	48
... остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	6	12	18
... остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	3	5	8

Из описания работы белка следует, что он - терминатор, действующий при репликации. Взаимодействие белок-ДНК осуществляется засчет связей с фосфатами, а так же с сахарофостфатным остовом, с остатками азотистых оснований большой и малой бороздок. В целом, полярных и гидрофобных связей примерно поровну.
Из всех аминокислот, которые взаимодействуют с ДНК, самая интересная, на мой взгляд, - ILE178. Она гидрофобно взаимодействует сразу с тремя основаниями A-C-A (316-318:B). см. изображение:

На сайте Pfam для данного белка указан лиш один домен - Ter. Этот домен обычно присутствует в семействе бактериальных белков ответсвенных за остановку репликации ДНК.
При выравнивании белков этого семейства оказалось, что данный остаток консервативен, что может говорить о том, что это место связывания важно для этого белка.
Соотвествующее выравнивание

После изменения pdb файла скриптом, программа nucplot выдала следующие результаты:

Видно, что т.к. белок должен располагаться на определенном месте на ДНК, то связи распределены более-менее равномерно. Также тут присутсвует связь, указанная в предыдущем упражении.
Возможно, она является одной из ключевых связей в этом комплексе.

На главную страницу >>>