Занятие 3. Филогенетические деревья.

Задание 1.

Требовалось провести бутстреп-анализ выравния мутированных последовательностей, соответствующих листьям заданного дерева.

Этапы работы:
1. Программой fseqboot были созданы 100 бутстреп-реплик выравнивания. Исходящий файл - mut.fseqboot.
2. Полученные 100 выравниваний были поданы на вход программе fdnaml.
В выходном файле (mut.treefile) были записаны 100 скобочных формул, соответствующих реконструкциям, сделанным по каждому из выравниваний.
3.Была запущена программа fconsense (с входящим файлом mut.treefile). В выходной файл cons.txt были помещены результаты бутстреп-анализа. Файл mut.treefile был изменен программой и содержит скобочную формулу консенсусного дерева.
Консенсусное дерево:

                       +------B
                +100.0-|
                |      +------A
         +100.0-|
         |      |      +------F
  +------|      +-91.0-|
  |      |             +------E
  |      |
  |      +--------------------D
  |
  +---------------------------C

Выводы:

Консенсусное дерево совпадает по топологии с реальным:

A B C D E F	Исходное дерево	Консенсусное дерево	Бутстреп-значение ветви
. . * * * *	+	+	100/100
* * . . * *	+	+	91/100
* * * * . .	+	+	100/100

Как видно из последней колонки таблицы, все ветви перешли порог 70/100 бутстреп-значения, поэтому могут считаться соответствующими действительности.

Задание 2.

Реальное дерево в виде скобочной формулы было подано на вход программе fdrawtree. Она рисует бескорневое звездчатое дерево по скобочной формуле.
Результат:

На главную страницу >>>