Выравнивание последовательностей

1. Глобальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels
Cytochrome bd-I ubiquinol oxidase subunit 1 CYDA_ECOLI CYDA_BACSU 900.0 36.3% 52.4% 78 8
Probable glycerol-3-phosphate acyltransferase PLSY_ECOLI PLSY_BACSU 247.5 30.2% 50.0% 26 8
Phosphoglycerate kinase PGK_ECOLI PGK_BACSU 908.0 47.4% 66.7% 17 3

 

2. Локальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
Cytochrome bd-I ubiquinol oxidase subunit 1 CYDA_ECOLI CYDA_BACSU 904.5 37.6 54.2 67 6 97.7 95.1
Probable glycerol-3-phosphate acyltransferase PLSY_ECOLI PLSY_BACSU 253.5 33.2% 54.4% 13 6 90.7% 96.9%
Phosphoglycerate kinase PGK_ECOLI PGK_BACSU 908.0 48.1% 67.5% 14 2 99.2% 100.0%

 

3. Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам

Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
Elongation factor G/L-threonine 3-dehydrogenase EFG_ECOLI TDH_BACSU 43.0 10.9% 18.2% 467 25 - -
Elongation factor G/L-threonine 3-dehydrogenase EFG_ECOLI TDH_BACSU 48.0 20.8% 36.1% 29 5 66.2% 52.4%

В таблице выше приведены результаты применения программ глобального и локального выравнивания к неродственным белкам, а именно к Elongation factor G и L-threonine 3-dehydrogenase. Данные белки были выбраны таким образом, чтобы между ними не было функциональной связи, которая могла бы быть ассоциирована с гомологией.

Из результатов выравнивания можно сделать вывод, что родство белков исключено. Это видно по маленькому проценту идентичности (Identity) и весу выравнивания (Score).

Покрытия последовательностей (Сoverage 1 и Coverage 2) составляют 66,2% и 52,4%, соответственно, что нехарактерно для гомологичных белков. Cледовательно, любое сходство исходных белков случайно, а данное выравнивание не имеет биологического смысла.

 

4. Множественное выравнивание белков и импорт в Jalview

Мнемоника: PLSY_

Полное имя белка: Glycerol-3-phosphate acyltransferase

Нашлось: 467

Были выбраны:

  1. PLSY_STRR6
  2. PLSY_SALTY
  3. PLSY_ESCF3
  4. PLSY_SHIDS
  5. PLSY_ECOLU

Выравнивание делалось на сайте uniprot.org cледующим образом:

  1. C помощью команды: PLSY_STRR6 or PLSY_SALTY or PLSY_ESCF3 or PLSY_SHIDS or PLSY_ECOLU or PLSY_BOCSU or PLSY_ECOLI был произвден поисковый запрос;
  2. Выбраны все подходящие результаты;
  3. Click Align;
  4. Download в формате .fasta (Uncompressed).

Ссылка на проект

Все белки хорошо выровнялись. Данные белки гомологичны, так как имеется достаточно много участков с высокой долей совпадения для всех белков выборки.