![]() |
На рисунке изображена зона контакта ДНК и пяти аминокислотных
остатков белка. Три из них являются частью α-спирали, которая
лежит в одной из бороздок ДНК. Слева направо на рисунке это:
lys57,
arg185,
glu181,
arg180,
arg169.
Непосредственное взаимодействие каждого указанного аминокислотного остатка с белком можно увидеть, щелкнув по его названию. Желтым цветом выделена α-спираль, в верхней части рисунка видны две цепи ДНК, в проволочной модели покрашенные по атомам. Красными шариками выделены атомы кислорода glu181, а синими - атомы азота остальных остатков. Из списка взаимодействующих остатков видно, что наибольшую активность в связывании ДНК с белком CRP_ECOLI проявляют остатки аргинина. При выполнении этого задания я ограничилась визуальным выявлением взаимодействующих остатков с последующей проверкой их, то есть не привлекала команды "select within". Это привело к тому, что я не заметила двух взаимодействующих остатков lys57 и arg169. |
Рассмотрим остаток glu181. В пространстве конечный атом С от азота С505:N4.B удален на большее расстояние, чем атом C того же остатка; можно предположить, что замена glu181 на аспарагиную кислоту не приведет к ухудшению связывания моего белка с ДНК, а только улучшит его. Щелкув здесь можно увидеть иллюстрацию к сказанному.