+-------------B ! ! +-------D ! ! --1------------------2 +------F ! ! +---------4 ! +---3 +-------E ! ! ! +----------C ! +---------------A |
Выравнивание листьев исходного
дерева было переведено в формат
PHYLIP, и с помощью программы dnaml, которая построила по нему дерево
используя метод Maximum Likelihood, был получен файл, содержащий предпогалаемые
предковые последовательности для всех узлов дерева. Из него с помощью программы
grep была выделена последовательность для узла 2, и точно так же могла
быть выделена последовательность любого другого узла.
Установить предковую последовательность для данных листьев представляется невозможным, так как алгоритм построения Maximum Likelihood не предполагает укоренения. |
В выравнивании двух последовательностей — соответствующей узлу 2 и соответствующей исходному гену моего белка CRP_ECOLI, процент идентичность (% Identity) равен 58.6%, т.е. довольно низок, если учесть, что случайные последовательности совпадают друг с другом на 25%. Возможно, сам метод восстановления предковой последовательности в пакете PHYLIP не
Впрочем, если учесть то, что восстанавливаемое дерево не совпадает с исходным, нельзя сказать, что данный узел соответствует какому-нибудь узлу исходного. Возможно, если провести такие же исследования для каждого узла этого дерева, то можно было бы сделать заключение о том, на какую последовательность наиболее похожа предковая, а значит, в каком месте можно было бы предположить корень.
