Визуализация деревьев

Не всегда бывает удобно смотреть на кладограмму или филограмму, выполненную в текстовом формате, не говоря уже о скобочной формуле, которая просто создана для того, чтобы обрабатываться не глазом, а программой. Именно для этой цели в програмном пакете PHYLIP существует программа визуализации деревьев — drawtree. С ее помощью было получено изображение того неукорененного дерева, которое было ранее построено с помощью алгоритма Neighbor–Joining (слева).

Очень популярный способ укоренить неукорененное дерево заключается в том, чтобы поместить корень в так называемую центральную точку, т.е. такую точку дерева, от которой расстояния до всех листьев одинаковы. Такое укоренение есть попытка построить ультраметрическое дерево. Его осуществляет программа retree с параметром -M. Изображение этого дерева в виде прямоугольной филограмы представлено ниже, справа.

Визуализация неукорененного дерева

Визуализация филограммы