Структура белка

Мои скрипты: Hydrophobic core, My Residue, DNA complex.

Часть 1.

Цепь А данного белка включает в себя гидрофобное ядро размером в 207 атома, что составляет 0.37% от общего числа атомов белка. При нажатии кнопки 'Resume' можно увидеть выходы этого ядра(зеленый) на поверхность белка(красный). Мы можем заметить, что лишь малая часть ядра на поверхность белка. Я могу это объяснить тем, что белок старается «защититься» от молекул воды, которые образуют водородные связи для понижения энергии и приблизить систему к минимальной энергии.

Часть 2.

Мною был рассмотрен остаток [PHE]316:B. Данный остаток не покрывается полностью атомами белка даже при расстоянии в 20.0 ангстрем. Молекула воды сможет поместиться между соседними атомами (ее радиус примем равной ван-дер-ваальсовому радиусу кислорода, равному 1,50 ангстрема [1]), а «свободное» расстояние равняется ~10.5 ангстрем.

Часть 3.

Рассмотренный мною комплекс ДНК и белка 5KFY образует ДНК-полимеразу. Это фермент, участвующий в репликации ДНК. Он катализирует полимеризацию дезоксирибонуклеотидов вдоль цепочки нуклеотидов ДНК.
Белок соединяется с атомами большой бороздки ДНК за счет гидрофобных взаимодейсвий. Так же, возможно, с фосфатами ДНК белок образовывает Н-связи.
Так же белки могут образовывать дезоксирибонуклеопротеиды и нуклеокапсиды вирусов с нуклеиновыми кислотами. Так же белки могут связываться с ДНК для того, чтобы изменять укладку хроматина.

Источники:

[1]Ван-дер-ваальсовы радиусы

[2]NCBI, Bacillus amyloliquefaciens, 2016

На страничку второго семестра

На главную