Введение.
Для изучения был выбран гликозид гидролазы 74 (GH74) (PDB ID: 5FKS). Данный комплекс относится к гидролазам, и был впервые найден в бактерии Cellvibrio japonicus [1].
Он выполняет несколько функций: отвечает за активность гидролазы, учавствует в гидролизе O-гликозильных соединений и углеводном обмене, а также связывании целлюлозы [2]. Комплекс состоит из одной уникальной цепи,
которая несет один белок - Endo-1,4-beta-glucanase/xyloglucanase, putative, gly74A (Uniprot ID: B3PKK9) [3].
| Описание низкомолекулярных лигандов | |
| K+ | Br- | C2H6O2 |
| Название | Калий ион / Potassium Ion | Бром ион / Bromide ion | 1,2-Этандиол / 1,2-Ethanediol |
| Химическая формула | K+ | Br- | HOCH2CH2OH |
| Брутто-формула | К+ | Br- | HO—CH2—CH2—OH |
| Молярная масса | 39,1 г/моль | 79,9 г/моль | 62,1 г/моль |
| PubChem | Potassium Ion | Bromide Ion | Ethylene Glycol |
|
|
Белок-белковые контакты.
1.Альфа-спирали.
На модели отражена альфа-спираль цепи A, также отмечены длины водородных свяей и значения углов.
2. Бета-тяжи.
На модели изображен бета-тяж цепи A, c отмеченными длинами водородных связей и значениями углов.
|
Скрипты: Альфа-спираль, Бета-тяжи.
|
|
Информация о лиганд-биомолекулярных контактах.
Прежде всего по ходу всего исследования была использована программа JMol, с помощью которой были созданы представленные в отчете 3D модели.
Связи в молекуле искались в основном с помощью детального изучения окружения лигандов.
1.Ионная связь между ионом калия и атомами кислорода.
Ионная связь образуется между атомами с большой разницей в электроотрицательности. При этом электроны переходят к атому с большей электроотрицательностью.
При взаимодействии ионов противоположных знаков взаимной компенсации электрических полей не происходит, поэтому способность притягивать и другие ионы противоположного знака остается [4].
Вероятно, такая связь способствует увеличению прочности молекулы.
|
Скрипты: Ионная связь.
|
|
Вклады.
Написание скриптов, описание алгоритма работы, описание белок-белковых взаимодействий, водородной связи и ионной связи были написаны - Угольковым Ярославом.
Общее описание молекулы, таблица с описанием низкомолекулярных лигандов, описание водородной связи были написаны - Бартыш Екатериной.
|
|