Оптимальное парное выравнивание

Задание 1

Рисунок 1. Выравнивание в "needle"

Рисунок 1. Выравнивание в "water"

Выравнивание	Длина	Число гэпов	Доля (%)	Абсолютно консервативные позиции	Доля(%)	Функционально консервативные позиции	Доля(%)	Индели
Needle	699	141	20,2	281	40,2	384	54,9	68
Water	606	57	9,4	278	45,9	378	62,4	57

Таблица 1. Сравнение параметров "Needle" и "Water"

Матрица	EBLOSUM62
Штраф за открытие инделя	10.0
Штраф за удлинение инделя	0.5
Штраф за концевые гэпы	10.0
Штраф за удлинение концевого инделя	0.5

Таблица 2. Характеристика матрицы

Коментарии

В таблице 1 представлены отличия глобального (needle) и локального (water) выравниваний. Глобальное выравнивание длине локального, скорее всего именно это и повлияло на различия в остальных параметрах. Число «гепов» больше в абсолютном выравнивании, но при этом процент абсолютно и функциональных консервативных позиций меньше.

Задание 2

Идентификатор белка	Длина выравнивания	Число гэпов	Доля (%)	Абсолютно консервативные позиции	Доля(%)	Функционально консервативные позиции	Доля(%)	Индели
‘DNAK_HALLT’ / ’SSB2_YEAST’	699	141	20,2	281	40,2	384	54,9	68
‘ALV02457.1’ / ’AKC28878.1’	658	579	88,0	22	3,3	41	6,2	17
‘ALV02457.1’ / ’ALV46586.1’	987	603	61,1	103	10,4	164	16,6	177
‘ALV02457.1’ / ’AMM47000.1’	613	430	70,1	48	7,8	87	14,2	87
‘ALV02457.1’ / ’BAC73082.1’	517	413	79,9	35	6,8	53	10,3	95
‘ALV02457.1’ / ’ANE87960.1’	498	272	54,6	50	10,0	100	20,1	46

Таблица 3. Сравниения локальных выравниваний негомологичных и гомологичных белков

Рисунок 2. Выравнивание ‘ALV02457.1’ / ’AKC28878.1’
Ccылка на варвнивание.

Рисунок 3. Выравнивание ‘ALV02457.1’ / ’ALV46586.1’
Ccылка на варвнивание.

Рисунок 4. Выравнивание ‘ALV02457.1’ / ’AMM47000.1’
Ccылка на варвнивание.

Рисунок 5. Выравнивание ‘ALV02457.1’ / ’ANE87960.1’
Ccылка на варвнивание.

Рисунок 6. Выравнивание ‘ALV02457.1’ / ’BAC73082.1’
Ccылка на варвнивание.

Коментарии

В таблице 3 можно заметить, что количество «гепов» намного больше у не гомологичных белков, и число абсолютно консервативных и функционально консервативных позиций больше содержании у гомологичных белков Я считаю, что такое выравнивание не совсем верно и найденные якобы гомологичный участок между двумя белками является случайностью, поэтому выравнивание негомологичных белков абсолютно неинформативно.

Задание 3

Рисунок 7. Выравнивания разными способами

Коментарии

Первая пара выравниваний(a) - множественное выравнивание
Вторая(b) - глобальное выравнивание
Третья(c) - локальное выравнивание
Отличия:
1)В (с) на позиции 41 "Asp" гомологичен "Gln", а в (а) на 50 этот же "Asp" ничему не гомологичен.
2)В (с) на позиции 42 "Gly" ничему не гомологичен, а в (а) на 51 этот же "Gly" гомологичен "Gln".
3)В (а) на позиции 81 "Asp" гомологичен "Arg", а в (b) на 103 и в (с) на 93 гомологичен "Asp".

Локальное и множетсвенное выраванивании практически совпали, отличия лишь в конце выравнивания. Мне кажется, что локальное точнее множественного, потому что в конце локального гораздо меньше "гэпов".