BLAST
Задание 1
Для выполнения задания я взял белок P00947 (SDIS_COMTE). Я искал в в американском аналоге Uniprot - в Refseq proteins, потому что в Uniprot не было нужно мне количества последовательностей.
Ccылка на варвнивание.
| ID/AC |
Название белка |
Ident, % |
Coverage, % |
E-value |
Гомологичность |
| WP_003078309.1 |
Steroid Delta-isomerase |
100.000 |
100.00 |
8.08e-86 |
+ |
| WP_034396811.1 |
Steroid Delta-isomerase |
96.748 |
98.37 |
5.20e-82 |
+ |
| WP_034360297.1 |
Steroid Delta-isomerase |
96.748 |
98.37 |
1.22e-81 |
+ |
| WP_034375646.1 |
Steroid Delta-isomerase |
95.968 |
98.39 |
1.56e-81 |
+ |
| WP_034378486.1 |
Steroid Delta-isomerase |
95.935 |
97.56 |
2.22e-81 |
+ |
| WP_043079434.1 |
Steroid Delta-isomerase |
45.378 |
60.50 |
3.33e-23 |
+ |
| WP_074354082.1 |
Steroid Delta-isomerase |
45.378 |
59.66 |
5.93e-23 |
- |
| WP_005059319.1 |
Steroid Delta-isomerase |
45.378 |
59.66 |
6.20e-23 |
- |
| WP_067475980.1 |
Steroid Delta-isomerase |
39.167 |
60.00 |
4.14e-22 |
+ |
| WP_017795330.1 |
Steroid Delta-isomerase |
37.903 |
60.48 |
1.18e-22 |
- |
Таблица 1.
Рисунок 1. Выравнивание
Коментарии:
Для определения гомологичности я опирался на выравнивания, полученные в JalView и BLAST.
Я решил, что WP_074354082.1, WP_005059319.1 и WP_017795330.1 не гомологичны исходному белку, потому что процент Ident, Coverage, и значение E-value достаточно низок.
Так же мы отчетливо видим, что у этих трех белков не достаточное число консервативных остатков из консервативных колонок.
Задание 2
Для выполнения этого здания я воспользовался базой данных о семействах доменов «Pfam».
Я выбрал белки из семейство «LIM»: Query_231675 и Query_231677.
Рисунок 2. Выравнивание
Коментарии:
На рисунке 2 изображено локальное выранивание последовательностей.
На оси абсцисс – последовательность Query_76192, а по оси ординат - Query_76195.
В круг выделена область делеция – потеря участка последовательности.
Синим отмечена дупликация участка.
© Угольков Ярослав, 2017