Алгоритмы множественного выравнивания

Задание 1

Для выполнения этого задания я взял 7 белков гомологичных P00947 в базе данных BLAST. Искал эти белки тем способом, что и в практикуме 12.

ID/AC	Название белка	Ident, %	Coverage, %	E-value	Гомологичность
WP_003078309.1	Steroid Delta-isomerase	100	100	8.08e-86	+
WP_034396811.1	Steroid Delta-isomerase	97	98	5.20e-82	+
WP_034375646.1	Steroid Delta-isomerase	96	98	1.56e-81	+
WP_003057354.1	Steroid Delta-isomerase	92	99	6e-77	+
WP_084181627.1	Steroid Delta-isomerase	64	93	1e-45	+
WP_027996422.1	Steroid Delta-isomerase	58	99	7e-44	+
WP_043079434.1	Steroid Delta-isomerase	45	95	3e-23	+

Таблица 1. Выравнивание гомологичных последовательностей

Рисунок 1. Выравнивание MuslceWC

Рисунок 2. Выравнивае TcoffeWC

Коментариии:

Я провел выравнивании в программах MuslceWC (дальше первое выравнивание) и TcoffeWC (дальше второе выравнивание). Результаты выравниваний представлены на рисунка 1 и 2.

Отличия выравниваний:

1)Индель в 5 последовательности равен 6 гэпам в первом выравнивании, а во втором 7 гэпов
2)В первом выравнивании на 3 позиции нет гэпов, а во втором на этой позиции гэпы имеют первые 6 последовательностей
3)В первом выравнивании последние три последовательностях заканчиваются гэпами, а во втором в этих последовательностях гэпы стоят на 124 позиции

Задание 2

Для выполнения этого задания я взял белок Steroid Delta-isomerase SDIS_COMTE (P00947). Этот белок катализирует реакцию "A 3-oxo-Delta(5)-steroid = a 3-oxo-Delta(4)-steroid"[1].
В базе данных Pfam я нашел домен этого белка. Архитектура этого белка Рисунке 3. В составе данного белка лишь один домен SnoaL_2 (11-112)

Рисунок 3. Доменная архитектура Steroid Delta-isomerase

Ниже я рассмотрел 3 самых встречающихся архитектуру, в которые входит данный домен.
1) Просто SnoaL_2(13-121), входящий в Uncharacterized protein из организма Cladophialophora psammophila CBS 110553.

Рисунок 4. Доменная архитектура Uncharacterized protein

2) Доменная архитектура RNA polymerase sigma70 factor состоит из Sigma70_r2(21-90)(зеленый), Sigma70_r4_2(143-196)(красный) и сам SnoaL_2(221-317)(синий).

Рисунок 5. Доменная архитектура Steroid Delta-isomerase RNA polymerase sigma70 factor

3)Белок Putative lipoprotein вкючает в себя 2 Sigma70_r2(11-102;140-237).

Рисунок 6. Доменная архитектура Steroid Delta-isomerase Putative lipoprotein