| 1 | /P/y14/term3/block4/SNP/bedtools2/bin/bedtools getfasta -fi chr3.fasta -bed qw.bed > qwerty.fasta | получен файл с нуклеотидной последовательностью (.fasta) для одного из покрытых чтениями генов |
|---|---|---|
| 2 | /P/y14/term3/block4/SNP/bedtools2/bin/bedtools random -g human.hg18.genome -n 1000 -l 200 > ran.fasta | набран из хромосомы 1000 случайных фрагментов по 200 нуклеотидов |
| 3 | /P/y14/term3/block4/SNP/bedtools2/bin/bedtools cluster -i qw.bed > cluster.bed | объединил чтения в кластеры |
| 4 | /P/y14/term3/block4/SNP/bedtools2/bin/bedtools bamtofastq -i sort.bam -fq qw.fastaq | получен из файла в выравниванием файл с чтениями в формате "*fastq" |
| 5 | /P/y14/term3/block4/SNP/bedtools2/bin/bedtools flank -i qwe.bed -g human.hg18.genome -b 1000 > 5.bed | получены координаты одного из покрытых чтениями генов, расширенные на 1000 нуклеотидов в обе стороны |
© Угольков Ярослав, 2017