A- и В- формы ДНК.
Структура РНК


Задание 1

В приведенных ниже файлах, находятся, построенные мною, модели структур A-, B- и Z-формы ДНК с помощью инструментов пакета 3DNA.
1) А-форма
2) В-форма
3) Z-форма


Задание 2

На рисунке 1 изображен Тимин. Синим цветы выделены атомы смотрящие в сторону малой бороздки В-формы ДНК из задания 1, а красным цветом выделенны атомы смотрящие в сторону большой бороздки.

Рисунок 1. Тимин


На таблице 1 представлены номера атомов, смотрящих в стороны разнвх бороздок.

Большая Малая
C C4, C5, C6, C7 C2
N — N1, N3
O O4 O2
Таблица 1.


В таблице 2 представлено сравнение нескольких характеристик разных форм ДНК.

A-форма B-форма Z-форма
Тип спирали (правая или левая) Правая Правая Левая
Шаг спирали (A) 28.30 33.75 43.50
Число оснований на виток 11 10 12
Ширина большой бороздки 18.06 ([DG]1:A.P - [DC]30:B.P)  17.76 ([DT]29:B.P - [DT]3:A.P)  18.59 ([DC]8:A.P - [DG]11:B.P)
Ширина малой бороздки 7.98 ([DA]5:A.P - [DT]20:B.P)  11.69 ([DA]28:B.P - [DG]7:A.P)  7.2 ([DG]7:A.P - [DG]17:B)
Тaблица 2.

В таблице 3 показанны торсионные углы нуклеотидов.
alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
тРНК -31,65 94,65 63,65 87,31 -138,82 -77,96 -143,40
ДНК -49,36 63,85 41,35 125,73 -88,38 -102,90 -116,68
Тaблица 3.

Самые "деформированные" нуклеотиды (с наиболее отклоняющимся значением какого-либо из торсионных углов) приведенны ниже.
Для ДНК: Strand 1: 15A, Strand 2: 6G, 20C.
Для тРНК: Strand 1: 54G, Strand 2: 12C.


Ниже приведенны примеры структуру водородных связей.
Всего в данной тРНК было обнаруженно 8 стеблей, потому что присутсвует две молукулы тРНК. Все они пречислены ниже.
Все стебли представленны в файле .
Стебели одной рнк приведенны ниже.
Стебель 1


Стебель 2


Стебель 3


Стебель 4


Дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру.


Неканонические пары оснований в структуре тРНК.



© Угольков Ярослав, 2017