Комплексы ДНК-белок и РНК-белок

Задание 1.

Мой скрипт здесь.

Участок структуры	Позиции в структуре (по результатам find_pair)	Результаты предсказания с помощью einverted	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	5' ----------------> 3' 1 (0.001) ....>C:...1_:[..G]G-----C[..C]:..72_:C<.... (0.003) 2 (0.002) ....>C:...2_:[..G]G-----C[..C]:..71_:C<.... (0.001) 3 (0.001) ....>C:...3_:[..C]C-----G[..G]:..70_:C<.... (0.002) 5 (0.002) ....>C:...5_:[..A]A-----U[..U]:..68_:C<.... (0.001) 6 (0.003) ....>C:...6_:[..G]G-----C[..C]:..67_:C<.... (0.002) 7 (0.001) ....>C:...7_:[..G]G-----C[..C]:..66_:C<.... (0.002) Всего 7 пар	0 верных пар	7
D-стебель	8 (0.003) ....>C:..49_:[..G]G-----C[..C]:..65_:C<.... (0.003) 9 (0.001) ....>C:..50_:[..G]G-----C[..C]:..64_:C<.... (0.001) 10 (0.002) ....>C:..51_:[..C]C-*---G[..G]:..63_:C<.... (0.001) 11 (0.005) ....>C:..52_:[..G]G-----C[..C]:..62_:C<.... (0.002) 12 (0.002) ....>C:..53_:[..G]G-----C[..C]:..61_:C<.... (0.002) Всего 5 пар	0 верных пар	4
T-стебель	15 (0.002) ....>C:..38_:[..A]A-*--C[..C]:..32_:C<.... (0.002) 16 (0.003) ....>C:..39_:[..U]U----A[..A]:..31_:C<.... (0.001) 17 (0.002) ....>C:..40_:[..C]C-----G[..G]:..30_:C<.... (0.001) 18 (0.002) ....>C:..41_:[..C]C-----G[..G]:..29_:C<.... (0.001) 19 (0.004) ....>C:..42_:[..A]A-----U[..U]:..28_:C<.... (0.002) 20 (0.002) ....>C:..43_:[..G]G---C[..C]:..27_:C<.... (0.002) 21 (0.002) ....>C:..44_:[..G]G---A[..A]:..26_:C<.... (0.002) Всего 7 пар	0 верных пар	4
Антикодоновый стебель	22 (0.004) ....>C:..10_:[..G]G-----C[..C]:..25_:C<.... (0.002) 23 (0.002) ....>C:..11_:[..C]C-----G[..G]:..24_:C<.... (0.004) 24 (0.003) ....>C:..12_:[..U]U-----A[..A]:..23_:C<.... (0.005) 25 (0.003) ....>C:..13_:[..C]C-----G[..G]:..22_:C<.... (0.003) 26 (0.003) ....>C:..14_:[..A]A---U[..U]:...8_:C<.... (0.001) 27 (0.002) ....>C:..15_:[..G]G-+-C[..C]:..48_:C<.... (0.001) x 28 (0.002) ....>C:..19_:[..G]G-----C[..C]:..56_:C<.... (0.003) + Всего 7 пар	0 верных пар	5
Общее число канонических пар нуклеотидов	26 пар	0 верных пар	20 верных пар

Таблица 1. Результаты сравнения двух предсказанных структур с реальной

Рисунок 1. Графический результат работы алгоритма Зунка

Задание 2.

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
Остатками 2'-дезоксирибозы	11	27	38
Остатками фосфорной кислоты	10	11	21
Остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	10	33	43
Остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	8	17	25

Таблица 2. Контакты разного типа в комплексе 5СО8.pdb

Из таблицы 1 можно понять, что наибольшее число полярных контактов с остатками 2'-дезоксирибозы, наибольшее число неполярных с остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки. А наибольшее число контактов с остатками азотистых оснований находятся со стороны большой бороздки, а наименьшее с остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки.

Задание 3.

PDF файл, полученный при использовании "nucplot" здесь.

Задание 4.

Рисунок 2.
На рисунке 1 представлена каркасная модель ДНК и две аминокислоты: синяя - Lys258, зеленая - Thr257. Я выбрал эти аминокислоты, потому что они обе имеют много контактов с ДНК. Thr257 имеет 4 контакта с ДНК, 2 с фосфатным остатком между 13 A и 12G и 2 контакта с 12G, а Lys258 имеет 3 контакта, один - водородная связь с фосфатом 28 и 2 контакта с 12 G.

После изучения схемы "nucplot" можно предположить, что аргинин и глутамин — одни из важнейших остатков в распознавании ДНК. Это проиходит из-за того,что в отличие от других аминокислот, они способны к специфичному связыванию именно азотистых оснований (аргинин предпочтительно связывается с гуанином, а глутамин — с аденином).

На главную