Трансмембранные белки

Задание 1

Таблица 1. Информация о КОГе

Белок	ALV02457.1
Идентификатор КОГа	COG0318
E-value	1.83e-158
Интервал в остатках	6-486
Всего остатков	487
Название (eng)	Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II
Название (рус)	Ацил-КоА-синтетаза (AMP-формование) / АМФ-кислота-лигаза II

Задание 2

Рисунок 1. COGNAT

Search for COG:	COG0318
Neighborhood Size:	9
Occurrence Threshold (%):	20
Taxonomy:	Нет

Результат тут

На рисунке 1 слева указаны организмы, у которых рассматривается геномное окружение КОГа), справа окно с самим окружением (каждая стрелка - ген, красным цветом отмечены гены, всречающиеся больше определенного числа раз), в нижнем окне приведены все найденные программой консервативные КОГи. В заключении можно сказать, что геномное окружение не обладает какой-либо консервативностью.

Отнесение белка 2-succinylbenzoate-CoA ligase из Bacillus amyloliquefaciens к терминам GO

С помощью инструмента AmiGO поиском BLAST был обнаружен мой белок,но в другом организме: Bacillus anthracis. Оба организма являются бактериями.
P-value = 1.2e-106.

Таблица 2. Термины GO для находки

Аспект	Идентификатор GO	Название термина	Перевод названия термина	Код типа достоверности
Биологический процесс (Biological process)	GO:0008150	biogical_process	Любой процесс, конкретно относящийся к функционированию живых единиц: клетки, ткани, органы и организмы	ND

Таблица 3. Описание кодов достоверности

Код типа достоверности	Расшифровка кода типа достоверности	Объяснение
ND	No biological Data available	Нет биологических данных

С помощью данной базы данных (GO) было выяснено, что мой белок имеется в другой бактерии с высокой степенью сходства. В таблице 1 приведены частотные находки, отнесенные к найденному белку. В таблице 2 представлена расшифрофка кода достоверности из таблицы 1. С данным КОГом связано совсем более 30 других белков.