Геномное окружение. База данных GO

База данных OPM

PDB ID	4PHU	1i78
Название	Free fatty acid receptor	Outer membrane protease OmpT
Толщина гидрофобной части	31.8 ± 1.2 A	26.5 ± 1.6 A
Координаты трансмембранных бета-тяжей	1( 5- 28), 2( 43- 67), 3( 76- 102), 4( 123- 144), 5( 179- 204), 6(2223-2249), 7(2257-2276)	1(11-20), 2(50-61), 3(64-72), 4(111-121), 5(126-136), 6(178-187), 7(192-201), 8(230-240), 9(245-254), 10(287-296)
Среднее количество остатков в трансмембранной спирали	24	9
Локализация	Трансмембранный	Внешняя мембрана грам-отрицательных бактерий
Изображение

Анализ предсказания трансмембранных спиралей

Рисунок 1. TMHMM
По оси абсцис расположены аминокислотные остатки. По оси ординат вероятность локализации участка белка. Красным цветом обозначены трансмембранные части, синим - части внутри цитоплазмы, розовым - части снаружи от мембраны.

Prediction of 4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
ID 4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
FT TOPO_DOM 1 19 NON CYTOPLASMIC.
FT TRANSMEM 20 43
FT TOPO_DOM 44 54 CYTOPLASMIC.
FT TRANSMEM 55 74
FT TOPO_DOM 75 93 NON CYTOPLASMIC.
FT TRANSMEM 94 113
FT TOPO_DOM 114 133 CYTOPLASMIC.
FT TRANSMEM 134 157
FT TOPO_DOM 158 196 NON CYTOPLASMIC.
FT TRANSMEM 197 223
FT TOPO_DOM 224 396 CYTOPLASMIC.
FT TRANSMEM 397 415
FT TOPO_DOM 416 434 NON CYTOPLASMIC.
FT TRANSMEM 435 454
FT TOPO_DOM 455 491 CYTOPLASMIC.

Рисунок 2. Phobius
По оси абсцис расположены номера аминокислотных остатков остатков. По оси ординат вероятность локализации участка белка. Cерым цветом обозначены трансмембранные части, зеленым - части внутри цитоплазмы, синим - части снаружи от мембраны, красным - сигнальные пептиды.

Оба сервиса правильно предсказали все спирали, но лучшее совпадение по координатам выдал сервис TMHMM.

База данных TCDB

Для 4PHU: не найден

Для 1I78:
9.B.50.1.1
9 - Неполностью описанные белки транспортной системы (Incompletely Characterized Transport Systems)
В - Предположительно транспортные белки (Putative transport proteins)
50 - Эндопротеаза наружной мембраны бета-тяжа (The Outer Membrane Beta-barrel Endoprotease, Omptin (Omptin) Family)