Реконструкция филогении

Задание 1

В таблице 1 показ список бактерий, которые я использовал для выполнения этого практикума, и их таксономия. Таблица 1. Отобранные бактерии

Организм	Организация	Царство	Тип	Класс	Отряд	Семейство	Род и ниже
Rhizobium etli	cellular organisms	Bacteria	Proteobacteria	Alphaproteobacteria	Rhizobiales	Rhizobiaceae	Rhizobium/Agrobacterium group
Rhodobacter sphaeroides	cellular organisms	Bacteria	Proteobacteria	Alphaproteobacteria	Rhodobacterales	Rhodobacteraceae	Rhodobacter
Burkholderia cenocepacia	cellular organisms	Bacteria	Proteobacteria	Betaproteobacteria	Burkholderiales	Burkholderiaceae	Burkholderia
Ralstonia solanacearum	cellular organisms	Bacteria	Proteobacteria	Betaproteobacteria	Burkholderiales	Burkholderiaceae	Ralstonia
Escherichia coli	cellular organisms	Bacteria	Proteobacteria	Gammaproteobacteria	Enterobacterales	Enterobacteriaceae	Escherichia
Salmonella typhimurium	cellular organisms	Bacteria	Proteobacteria	Gammaproteobacteria	Enterobacterales	Enterobacteriaceae	Salmonella
Pasteurella multocida	cellular organisms	Bacteria	Proteobacteria	Gammaproteobacteria	Pasteurellales	Pasteurellaceae	Pasteurella

Мною было выбран белок Энолаза (ENO) - фермент, участвующий в предпоследнем этапе гликолиза. Энолаза катализирует переход 2-фосфо-D-глицериновой кислоты в фосфоенолпируват. При этом от 2-фосфо-D-глицерата отщепляется одна молекула воды.

Задание 2

C помощью базы "Uniprot", был получены файл, в которои приведенны аминокислотные последовательности этого белка для каждой бактерии.
После этого я воспользовался сервер Muscle на kodomo, получил файл с выровнянными поледовательностями.
В программе "MEGA" из полученных выравниваний было реконструирована филогения тремя различными способами: Maximum Likelyhood, Neighbor-Joining, Minimum-Evolution. Выравнивания приведенный ниже.


Maximum Likelyhood Tree	Neighbor-Joining Tree	Minimum-Evolution Tree	Правильное дерево

Как видно, все деревья полностью эдентичны между собой и с "правильным деревом", полученное в pr1.

Задание 3

Нетривиальные ветви, объединенные в разные таксономические группы:

SALTY, ECOLI	-	Семейство	Enterobacteriaceae
RALSO, BURCA	-	Семейство	Burkholderiaceae
SALTY, ECOLI ,PASMU	-	Класс	Gammaproteobacteria
RHIEC, RHOS4	-	Класс	Alphaproteobacteria
PASMU, RALSO, BURCA, RHIEC, RHOS4	-	Тип	Proteobacteria
SALTY, ECOLI ,PASMU, RHIEC, RHOS4	-	Тип	Proteobacteria
RALSO, BURCA, RHIEC, RHOS4	-	Тип	Proteobacteria
SALTY, ECOLI, PASMU, RALSO, BURCA	-	Тип	Proteobacteria