Укоренение и бутстрэп

Задание 1

В таблице 1 показ список бактерий, которые я использовал для выполнения этого практикума, и их таксономия. Таблица 1. Отобранные бактерии

Организм	Организация	Царство	Тип	Класс	Отряд	Семейство	Род и ниже
Rhizobium etli	cellular organisms	Bacteria	Proteobacteria	Alphaproteobacteria	Rhizobiales	Rhizobiaceae	Rhizobium/Agrobacterium group
Rhodobacter sphaeroides	cellular organisms	Bacteria	Proteobacteria	Alphaproteobacteria	Rhodobacterales	Rhodobacteraceae	Rhodobacter
Burkholderia cenocepacia	cellular organisms	Bacteria	Proteobacteria	Betaproteobacteria	Burkholderiales	Burkholderiaceae	Burkholderia
Ralstonia solanacearum	cellular organisms	Bacteria	Proteobacteria	Betaproteobacteria	Burkholderiales	Burkholderiaceae	Ralstonia
Escherichia coli	cellular organisms	Bacteria	Proteobacteria	Gammaproteobacteria	Enterobacterales	Enterobacteriaceae	Escherichia
Salmonella typhimurium	cellular organisms	Bacteria	Proteobacteria	Gammaproteobacteria	Enterobacterales	Enterobacteriaceae	Salmonella
Pasteurella multocida	cellular organisms	Bacteria	Proteobacteria	Gammaproteobacteria	Pasteurellales	Pasteurellaceae	Pasteurella

Задание 2

Протеномы всех бактерий я собрал в один файл и с помощью программы "BLASTP" нашел гомологи с белком CLPX_ECOLI - АТФ-зависимая Clp протеаза. В таблице 2 представленны эти гомологи. Таблица 2. Найденные гомологи.

Название	Score (Bits)	E-Value
CLPX_ECOLI	860	0.0
CLPX_SALTY	843	0.0
CLPX_BURCA	621	0.0
CLPX_RALSO	615	0.0
CLPX_PASMU	612	0.0
CLPX_RHIEC	598	0.0
CLPX_RHOS4	568	0.0
HSLU_RALSO	98.2	3,00E-22
HSLU_RHOS4	95.9	2,00E-21
HSLU_RHIEC	93.6	8,00E-21
HSLU_ECOLI	93.6	9,00E-21
HSLU_PASMU	93.2	1,00E-20
HSLU_SALTY	91.7	4,00E-20
HSLU_BURCA	82.4	6,00E-17
FTSH_ECOLI	46.2	2,00E-05
FTSH_SALTY	46.2	2,00E-05

Вот файл, получееный после работы "BLASTP".
С помощью сервера "Muscle" было постренно выравнивание этих белков. Далее в программе "MEGA 7", на основе этого выравнивания было построенно дерево алгоритмом "UPGMA".


Рисунок 1. Изображение дерева для бактерий	Рисунок 2.Изображение дерева гомологов

На рисунке 2 крассным выделены ортологи, а зеленым - паралоги.