Сигналы, мотивы, PWM

Задание 1

В данном практикуме у меня был организм Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6 (strain RIMD 2210633).
В таблице 1 показ список ,tkrjd, которые я использовал для выполнения этого практикума. Таблица 1. Отобранные белки

Идентификатор	Мнемоника	Название белка	Ген	Координаты	Координаты Upstream region
Q87Q53	PURT_VIBPA	Formate-dependent phosphoribosylglycinamide formyltransferase	purT	complement(1376818..1377993)	complement(1377994-1378094)
P40607	PURA_VIBPA	Adenylosuccinate synthetase	purA	complement(2975587..2976903)	complement(2976904 - 2977004)
Q87RB8	FOLD_VIBPA	Bifunctional protein FolD	folD	complement(911485..912345)	complement(912346 - 912446)
Q87KE0	PURK_VIBPA	N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide synthase	purK	3244219..3245352	3244118 - 3244218
Q87QW9	PURR_VIBPA	HTH-type transcriptional repressor PurR	purR	complement(1079009..1080013)	complement(1080014 - 1080114)
Q87MH0	PUR5_VIBPA	Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase	purM	2393407..2394447	2393306 - 2393406
Q87KE1	PURE_VIBPA	N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase	purE	3243729..3244214	3243628 - 3243728
Q87Q87	PUR7_VIBPA	Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase	purC	complement(1337584..1338687)	complement(1338688 - 1338788)

IMG SRC="PICTURES/logo1.png" width="90%" После этого с помощью "descseq" последовательности Upstream-регионов были вырезаны и собраны файл
После этого была запущена программа "MEME" для поиска мотивов. Результат работы тут.

Лого	Число сайтов	E-value
	22	1.8e-007
	11	2.1e+003
	8	1.1e+00

Все три мотива имеют E-value менее 0,001. Можно заметить, что ни одного мотива не предствленно в каждом гене.Хотя третий мотив является самым коротким из всех 3ех, он самый редкий из всех - в 2 из 8 генов, хотя 1 и 2 второй встречаются в 7 из 8.