Мотивы в белках. PSSM и паттерны. PSI-BLAST. Банк Prosite.

Задание 1

В данном практикуме у выбрал идентификатор P74518. Он соответствует белку Ribosome hibernation promotion factor, функция которого димеризовать способные к трансляции 70 S рибосомы в транскрипционно неактивные 100 S рибосомы. Таблица 1. Результаты PSI-BLAST

№ итерации	Число находок выше порога (0.005)	AC худшей находки	E-value худшей находки	AC лучшей находки ниже порога	E-value лучшей находки ниже порога
1	24	P33987.1	3e-05	Q65SX3.1	4.8
2	28	P9WMA8.1	3e-06	Q5K2N3.3	0.15
3	28	P24694.1	2e-20	Q0BSD5.2	0.064

В ходе последних двух итерациях число находок не поменялось , однако поменялся их расположение.
Худшая находка в итерации 2 при итерации 3 оказалась четвертая с конца, а худшая находка в итерации 3 при итерации 2 была третьей с конца.
Тем не менее, разрыв в E-value между худшей находкой над порогом и лучшей под порогом остается большим - порядка "e-18".
Отсюда, я могу чделать вывод, что данные белковые последовательности составляют семейство гомологичных белков.

Задание 2

Для выполнения этого задания нужно было в банке Prosite произвести поиск паттернов, описывающих семейство белков ENOLASE (PS00164).
Консенсусный паттерн: [LIVTMS]-[LIVP]-[LIV]-[KQ]-x-[ND]-Q-[INV]-[GA]-[ST]-[LIVM]-[STL]-[DERKAQG]-[STA]
Мотив в ENO_ECOLI: ILIKFNQIGSLTET
Последовательность белков для ENO представленно в файле.
Было построено их выравнивание через Muscle (by Default). На рисунке 1 представлено данное выравнивание.

Рисунок 1. Выравнивание
В полученном выравнивании был выделен блок с паттерном, показанный на рисунке 2(красный прямоугольник).

Рисунок 2. Блок выравнивания с паттерном

Более строгий консенсусный паттерн ENOLASE: [LIM]-L-[IV]-K-[IVF]-N-Q-I-G-[ST]-L-[ST]-E-T

Список находок по паттерну: matchlist.list
Правильный список ENO белков: uniprot.list

Число находок по паттерну	532
Число правильных находок	396
True positives	299
False positives	233
False negatives	97