Задание 1
1а. Найдены все вертикальные блоки, согласно определения на kodomo в словаре терминов, отмечены «B».

Рис. 1 Вертикальные блоки

1b. Найден блок из части последовательностей. Блок «H» является вертикальным для 3х последовательностей, поскольку начитается и заканчивается абсолютно консервативными колонками, а всего таких колонок 60%. Для всех же последовательностей в данном блоке нет ни одного консервативного столбца, то есть это не вертикальный блок.

Рис. 2 Частичный блок

Задание 2
2a. Для самого длинного блока посчитано число консервативных позиций. Всего в блоке 18 столбцов. 6 абсолютно консервативных позиций – 33.3%. 4 функционально консервативных – 22.2%.
2b. Самый длинный участок без блоков «X» (после последнего блока и до конца выравнивания) содержит всего 6 столбцов с гэпами – 17.6%.

Задание 4
Консенсусная последовательность блока: LGDIVFVDLPxVGDDVxA

Рис. 3 Изображение Logo для данного блока

Задание 5
Паттерн блока: L-G-[DN]-[IM]-V-[FY]-V-[DE]-[LMV]-[PQ]-[ETA]-V-[GD]-[DES]-[DTE]-[VL]-x-A

Задание 6
Найдено 2 совпадения с абсолютно консервативными позициями в блоках, 1 функционально консервативное. Для ранее анализируемого самого длинного блока нашлось одно совпадение, что составляет 5.6% от бывшего блока. И всего консервативные позиции теперь составили 5.6% бывших блоков.

Рис. 3 Выравнивание с негомологичной последовательностью

Задание 7
Нашелся 1 вертикальный блок "В" длины 4. Тем не менее, такой блок гомологию не отражает.
Также можно выделить частичный блок "H" для 3х последовательностей

Рис. 4 "Выравнивание" заведомо негомологичных белков.

Project