Построение парных выравниваний. Поиск по сходству
1. В таблице №1 представлены результаты поиска гомологов белка Q54764 (ALDEC_SYNE7),
осуществленного при помощи программы BLASTP на сайте NCBI.
Стратегия поиска
|
Таблица №1 Характеристика поиска |
|||
| Число находок | 246 | ||
| Находки гомологичные белку по всей длине (query cover > 80%) | 209 | ||
Таблица №2 показывает более подробную информацию о трех выравниваниях моего белка с гомологичными ему: лучшим, среднем и худшим.
|
Таблица №2 Характеристика 3х находок |
|||
| Лучшая | Средняя | Худшая | Название последовательности | MULTISPECIES: aldehyde oxygenase (deformylating) [Synechococcus] | MULTISPECIES: aldehyde oxygenase (deformylating) [Prochlorococcus] | DUF3066 domain-containing protein, partial [Prochlorococcus sp. scB243_496N4] |
| Длина выравнивания | 231 | 219 | 177 |
| bit score | 475 | 286 | 57.4 |
| % идентичных остатков | 100 | 63 | 22 |
| % сходных остатков | 100 | 78 | 44 |
| E-value | 4e-170 | 1e-94 | 1e-06 |
| Ссылка на выравнивание blast | align | align | align |
Гомологами целой последовательности можно считать 210 находок, согласно предложенному критерию
(E-value менее 0.001 и query cover не менее 70%)
2. Построено множественное выравнивае программой muscle. У всех выбраннных последовательностей обнаружилось 5 абсолютно консервативных
столбца и 3 функционально консевративных (вкладка Muscle align).
|
|
| Рис. 1 Множественное выравнивае программой muscle |
Вертикального блока не нашлось, можно выделить блок "B" для части последовательностей, объединенных в группу (вкладка Blocks).
|
|
| Рис. 2 Частичные блоки |
3, 4 Построены глобальные и локальные парные выравнивания моего белка и худшей находки из гомологов -
MULTISPECIES: DUF3066 domain-containing protein [Grimontia].
|
|
|
Рис. 3 Выравнивания в разных программах: Muscle, Blast, Needle, Water |
|
| Рис. 4 Участок, где выравнивания отличаются |
Сравнение представлено во вкладке Compare.
Ссылки на выравнивания:
1. глобальное (полученное из множественного)
2. глобальное (выданное needle)
3. локальное (выданное water)
4. локальное (выданное BLAST) в формате fasta
Выравнивания Blast и Water не совпадают, но почти полностью
одинаковые выравнивания, сделаные програмами Blast и Needle. Наиболее выравнивания
различаются на концах последовательностей.
|
|
| Рис. 5 "Выравнивание" негомологичных белков в Water |
|
|
| Рис. 6 "Выравнивание" негомологичных белков в Needle |
