1. Укоренение в среднюю точку
В данном задании требовалось укоренить дерево, полученное в последнем пункте прошлого практикума, в среднюю точку. Это значит, что нужно найти самый длинный путь между двумя листами и укоренить дерево в середине этого пути.
Было проделано следующее. Сначала файл retree.exe скопирован из директории /S/Programs/PHYLIP/phylip-3.695/exe на kodomo в мою рабочую директорию. Затем файл с деревом в Newick-формате () был скопирован в файл intree и запущен програмой retree пакета PHYLIP. Изображение полученного дерева представлено на рисунке 1.

Рис. 1 Дерево, построенное Jalview (NJ)	Рис. 2 Дерево, укорененное в среднюю точку	Рис. 2 Реальное дерево

Из рисунков 1 и 2 видно, что у коренение произошло в одну и ту же точку. Укоренены деревья правильно, однако правильными небинарные деревья назвать нельзя.

2. Использование внешней группы
Здесь требовалось реконструировать дерево выбранных бактерий методом максимальной экономии ("Maximum parsimony"). Деревья, построенные таким методом невозможно укоренить в среднюю точку, поскольку они не имеют длин ветвей. Однако можно воспользоваться укоренением с помощью внешней группы. В качестве внешней группы был используван белок того же семейства из кишечной палочки (Escherichia coli, мнемоника ECOLI).
Н рисунках 4 и 5 представлены деревья, полученные методом максимальной экономии (с аут-группой и укорененное дерево, соответственно).

Рис. 4 Дерево с внешней группой	Рис. 5 Укорененное дерево

Дерево, укорененное в аут-группу совпадает с реальным деревом. Значит, для выбранных бактерий, ECOLI - хорошая внешняя группа.

3. Бутстрэп
Требовалось построить дерево с применением бустрэпа. Я использовала метод UPGMA.
На рисунках 6 и 7 приведены полученные деревья.

Рис. 6 Дерево, построенное методом UPGMA (Original tree)	Рис. 7 Дерево, построенное с помощью бутстрэп-анализа (Bootstrap consensus tree)

Оригинальное и консенсусное деревья имеют одинаковую топологию.