Мембранные белки
1. База данных OPM
Выданный белок был найден в базе данных OPM (ссылка). Также я выбрала белок, содержащий β-тяжи (β-бочка): 4mee.
Информация по обоим белкам представлена в таблице 1, изображения - на рисунках 1 и 2.
| Таблица №1 Информация о трансмембранных белках |
||
| Белок | 4uc2 | 4mee |
| Толщина гидрофобной части мембраны, nm | 3,04 | 2,64 |
| Координаты трансмембранных спиралей/β-тяжей | 1( 5- 24), 2( 44- 65), 3( 70- 90), 4( 99- 120), 5( 124- 144) - для цепи А; 1( 5- 24), 2( 44- 65), 3( 70- 91), 4( 98- 119), 5( 124- 145) -для цепи В |
1(1006-1012), 2(1030-1040), 3(1048-1058), 4(1080-1087), 5(1098-1108), 6(1127-1138), 7(1153-1164), 8(1187-1198), 9(1211-1221), 10(1243-1253), 11(1260-1267), 12(1276-1284) |
| Среднее количество остатков в одной трансмембранной спирали/β-тяжей | 21 | 9 |
| В какой мембране находится белок | внешняя мембрана грамотрицательных бактерий | внешняя мембрана грамотрицательных бактерий |
|
|
|
| Рис. 1 Белок 4uc2 | Рис. 2 Белок 4mee |
2. Анализ предсказания трансмембранных спиралей
2.1 TMHMM
На рисунках 3 и 4 представлены выдачи программы в текстовом и графическом форматах, соответственно.
В текством формате используются слудующие обозначения: TMhelix - трансмембранная часть;
inside - обращенная в цитоплазму часть белка;
outside - обращенная наружу часть белка.
В графическом формате красным обозначена трансмембранная часть белка;
синим - обращенная в цитоплазму часть белка;
розовым - обращенная наружу часть белка.
По горизонтали отложены аминокислотные остатки, по вертикали - вероятность.
|
|
|
| Рис. 3 Текстовая выдача TMHMM | Рис. 4 графическая выдача TMHMM |
Как видно из рисунков 3 и 4, программа нашла все пять трансмембранных спиралей и даже почти правильно определила их координаты.
2.2 Phobius
Далее рассмотрим выдачу программы Phobius. На рисунках 5 и 6 представлены выдачи программы в текстовом и графическом форматах, соответственно.
В текстовом формате TRANSMEM обозначает трансмембранную часть;
CYTOPLASMIC - часть белка, обращенную в цитоплазму;
NON CYTOPLASMIC - часть белка, обращенную наружу.
|
|
|
| Рис. 5 Текстовая выдача Phobius | Рис. 6 графическая выдача Phobius |
Phobius не заметил самую первую спираль 1(5-24), а также сильнее, чем TMHMM ошибся в координатах.
В целом, TMHMM очевидно лучше предсказыввает трансмембранные спирали.
3. База данных TCBD
Необходимо найти белки 4uc2 и 4mee в базе данных TCBD (база данных классификации транспортеров со структурами).
3.1 4uc2
Белок обозначен 9.A.24.1.2, согласно функциональной классификации. 9.A.24 - семейство митохондриальных белков, осуществляющих транслокацию (поглощение) холестерола и порфирина.
В таблице 2 некоторая добавочная информация, присутствующая в TCBD.
| Таблица №2 Описание белка 4uc2 |
||
| Номер | Q3J192 | |
| Название белка | TspO and MBR related proteins | |
| Длина | 159 | |
| Молекулярный вес | 18107.00 | |
| Виды | Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158) [272943] | |
| Число TMSs | 5 | |
| Субстрат | холестерол, порфирин | |
3.2 4mee
ТС-код белка: 1.B.12.1.1. Код 1.B.12 обозначает семейство автотранспортеров-1 (AT-1). В таблице 3 содержится информация о белке 4mee.
| Таблица №3 Описание белка 4mee |
||
| Номер | Q03155 | |
| Название белка | AidA aka AIDA-I | |
| Длина | 1286 | |
| Молекулярный вес | 132272.00 | |
| Виды | Escherichia coli | |
| Число TMSs | 1 | |
| Субстрат | адгезины | |