|
|
|
|
0.5 σ |
1.0 σ |
|
|
|
|
1.5 σ |
2.5 σ |
Для визуализации использовались два файла: 4quw.pdb и файл с электроной плотностью EDS map 4quw.ccp4
Основная цепь была выдеена командой:
select backbone
Для визуализации ЭП использовалась команда:
isomesh <name>, <name_map>, <sigma>, <selected_object>, <carve>=n
, где <name> - имя создаваемого объекта, <name_map> - название загруженной карты электронной плотности (в формате .cpp4),
<sigma> - уровень подрезки σ (использовались уровни 0.5, 1.0, 1.5 и 2.5 σ),
<selected_object> - множество, вокруг которого хотим визуализировать ЭП (backbone в данном случае),
<carve>=n - расстояние от каждого атома (n Å), для которого показана электронная плотность.
На рисунке 1 показаны электронные плотности вокруг остова полипептидной цепи при разный уровнях подрезки (0.5, 1.0, 1.5, 2.5).
|
|
|
|
0.5 σ |
1.0 σ |
|
|
|
|
1.5 σ |
2.5 σ |
Рис. 1. Структура остова полипептидной цепи с изображением ЭП на уровнях подрезки = 0.5, 1.0, 1.5 и 2.5 σ
Далее были построены изображения (рис. 2) ЭП вокруг трех различных аминокислотных остатков, следующих друг за другом: TRP`154, LEU`155, LYS`156, при 4x уровнях подрезки (0.5, 1.0, 1.5, 2.5).
|
|
|
|
0.5 σ |
1.0 σ |
|
|
|
|
1.5 σ |
2.5 σ |
Рис. 2. Электронная плотность вокруг 3x а.о. на разных уровнях подрезки (0.5, 1.0, 1.5, 2.5 σ)
Можно сделать вывод, что чем больше значение уровня подрезки, тем меньше атомов окажутся вписаны в электронную плотность. Причем с уменьшением уровня подрезки постепенно «открываются» все более и более подвижные, неконсервативные атомы радикальных групп. Это кажется логичным, поскольку функция ЭП имеет максимум в центре ядер (а значение ЭП в точке ~ пропорционально уровню подрезки).
P. s: Я ожидала, что из радикалов выбранных а.о. при уменьшении уровня подрезки ЭП дольше всего «задержится» на ароматичном кольце триптофана (как на богатой электронами области), но ЭП уходила довольно равномерно со всех остатков…
