Поиск по PDB и содержание PDB файлов

Коэффициент Occupancy не равен 1

Была найдена структура humanized single domain antibody SD84 (PDB ID 6CNW) с разрешением 0.92 Å.

ATOM 300 CA BCYS A 22 2.611 -27.259 8.192 0.44 6.00 C

ATOM 301 C ACYS A 22 2.866 -28.624 8.815 0.56 7.26 C

Эти строчки содержат описание положения Cα-атома аминокислоты CYS. Жирным выделены числа Occupancy; они говорят, что в 44% молекул этот атом находится в точке с координатами, указанными на верхней строчке, а в 56% - на нижней.

Не расшифрованные аминокислотные остатки (Missing residues)

Была найдена структура bongkrekic acid-inhibited mitochondrial ADP/ATP carrier (PDB ID 6GCI)с разрешением 3.3 Å.

REMARK 465 MISSING RESIDUES

REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE

REMARK 465 EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN

REMARK 465 IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.)

REMARK 465

REMARK 465 M RES C SSSEQI

REMARK 465 MET A 1

REMARK 465 SER A 2

REMARK 465 ASN A 3

REMARK 465 LYS A 4

REMARK 465 GLN A 5

REMARK 465 GLU A 6

REMARK 465 THR A 7

REMARK 465 LYS A 8

REMARK 465 ILE A 9

REMARK 465 LEU A 10

REMARK 465 GLY A 253

REMARK 465 GLU A 254

REMARK 465 ALA A 255

REMARK 465 VAL A 256

REMARK 465 GLY A 307

REMARK 465 LYS A 308

REMARK 465 ALA A 309

REMARK 465 PHE A 310

REMARK 465 LYS A 311

REMARK 465 GLY A 312

REMARK 465 GLY A 313

REMARK 465 SER A 314

REMARK 465 GLY A 315

REMARK 465 ASP B 125

REMARK 465 ARG B 126

REMARK 465 ALA B 127

REMARK 465 ILE B 128

REMARK 465 GLU B 129

REMARK 465 GLY B 130

REMARK 465 ARG B 131

REMARK 470

C PDB структурой белка связаны три последовательности: (1) последовательность природного белка из Uniprot; (2) последовательность белка, который кристаллизовали - он может отличаться наличием тэгов, и быть частью природного белка, например, доменом; (3) та часть последовательности (2), которую удалось кристаллизовать.

Была найдена структура human TEAD2-Yap binding domain covalently bound to an allosteric regulator (PDB ID 6E5G), для которой (1) и (2) не совпадают.

DBREF 6E5G B 217 447 UNP Q15562 TEAD2_HUMAN 220 450

DBREF 6E5G A 217 447 UNP Q15562 TEAD2_HUMAN 220 450

SEQADV 6E5G GLY B 213 UNP Q15562 EXPRESSION TAG

SEQADV 6E5G SER B 214 UNP Q15562 EXPRESSION TAG

SEQADV 6E5G HIS B 215 UNP Q15562 EXPRESSION TAG

SEQADV 6E5G MET B 216 UNP Q15562 EXPRESSION TAG

SEQADV 6E5G GLY A 213 UNP Q15562 EXPRESSION TAG

SEQADV 6E5G SER A 214 UNP Q15562 EXPRESSION TAG

SEQADV 6E5G HIS A 215 UNP Q15562 EXPRESSION TAG

SEQADV 6E5G MET A 216 UNP Q15562 EXPRESSION TAG

В поле DBREF указывается кросс-референсы между текущей последовательностью и последовательностями других БД. Поле SEQADV показывает отличия последовательности данного pdb-файла, от последовательности, описанной в поле DBREF.

Худший и лучший B-фактор в структуре

Была взята структура aldehyde-deformylating oxygenase (PDB ID 4QUW) с разрешением 2.26 Å. Ниже представлены строчки с лучшим и худшим В-фактором (последнее число в строчке).

ATOM 1305 ND2 ASN A 170 -23.070 10.782 21.323 1.00 14.77 N

ATOM 1094 CD1 TYR A 145 -15.875 29.587 10.696 1.00 76.75 C